bioinformatics

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私はRが初めてで、助けが必要です。私は、患者のサンプルが異なる巨大なデータフレームを持っています。各患者は24 'クロムを有する。各「クロム」には3つのセグメントがあります。以下は患者 'A2461'の例です。以下は、私が持っているデータの一部の例です。 ID chrom loc.start loc.end num.mark seg.mean seg.sd seg.median seg.mad

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特定の行を除くRのデータを正規化する方法は？

私はそれを拡張するとき、私は（最初の列の行は「4」を持っている場合）、いくつかの配列決定データをグラフ化し、染色体4つのデータを除外したいしようとしています。第4染色体は正規化を歪めるかもしれないので、私はそれを私のscale（）関数から除外したい。それを行う方法はありますか？ preMBT_RT <-preMBT_RT %>% mutate_each_(funs(scale(.) %>% as.

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データを分割してSeqにフィードするにはどうすればよいですか？

私は非常に大きなゲノムを見ているバイオインフォマティクスプロジェクトに取り組んでいます。 Segは一度に135行しか読んでいないので、ゲノムをフィードすると過負荷になります。私は135のセクションにセクションを分割するperlコマンドを作成しようとしています。文字の制限は、80列あるので10,800になります。これは、これまで #!usr/bin/perl use warnings; use

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reutilsパッケージのesearch：データセットを指定する方法？

reutils packageについて質問があります。 esearch()という機能があり、GEOデータベースを検索することができます。だから、私は私がGEOに使用するのと同じクエリを入力する： UIDs <- esearch(term = "METHYLATION PROFILING BY ARRAY[DATASET TYPE]") しかしesearch()はDATASET TYPEを認識し

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Rの中でscale（）から特定の行を除外する方法は？

私はいくつかのシーケンシングデータをグラフ化しようとしており、スケーリング計算からのみ、第1カラムの行に '4'がある染色体4データを除外します。第4染色体は正規化平均/ Sd計算をスキューするかもしれないので、私はそれを私のscale（）関数から除外したい。それを行う方法はありますか？ preMBT_RT <-preMBT_RT %>% mutate_each_(funs(scale(.) %>

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Trimmomaticではスライディングウィンドウのデフォルト値はありますか？

スライディングウインドウなしでAVGQUAL：20のコマンドを与えると、スライディングウインドウのデフォルト値が設定されますか？

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clusterProfilerを使用したorg.Hs.eg.dbの問題

これはなぜ動作しないのですか？ org.Hs.eg.dbを呼び出す間違った何か。 ego <- enrichGO(gene = gene.df, universe = names(geneList), OrgDb = org.Hs.eg.db, ont = "CC", pAdjustMethod = "BH",

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Linuxのディスクピークサイズを計算する

私はツールがディスク上に一時ファイルを作成するのを観察しました。したがって、実行中に一時ファイルを保存するために使用するピークディスク容量（書き込まれたバイト数）を把握したいと思います。

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PDBファイルをR言語のデータフレームに変換するにはどうしたらいいですか？

私はこの試みた： proteins <- read.pdb("exampleFile.pdb") をそして私は、データフレームにタンパク質を変換しようとした： as.data.frame(proteins) しかし、Rは、それがクラス "C（" PDB "" SSEを強制することはできませんと言っています"）"をデータフレームに追加します。私はbio3dパッケージを使用しています。

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キメラ配列の検出に利用できるオープンソースツールはありますか？

USearch以外の16s、WGS、WTS配列からキメラ配列を検出および除去するためのツールはありますか？代替手段は商業目的で使用できるようにオープンソースでなければなりません。