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スライディングウインドウなしでAVGQUAL:20のコマンドを与えると、スライディングウインドウのデフォルト値が設定されますか?Trimmomaticではスライディングウィンドウのデフォルト値はありますか?
スライディングウインドウなしでAVGQUAL:20のコマンドを与えると、スライディングウインドウのデフォルト値が設定されますか?Trimmomaticではスライディングウィンドウのデフォルト値はありますか?
トリムママティックウェブサイトhttp://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomaticを確認すると、そこにマニュアルがあります。手動で
はAVGQUALため言う:このステップは、すべての資質を合計しきい値に達しているか否かの長さをチェックすることによって分割し、その後、低下または保持するようにAVGQUAL: Drop the read if the average quality is below the specified level
。したがってないウィンドウは、必要とされません読む。
私はJavaのソースコードを見て、明白なデフォルト値は見当たりませんでしたが、確かに確認された答えを得るように作者に依頼する必要があります。 – nbryans
ありがとう@nbryans、私はまた、紙を通って、彼らはまた、任意のデフォルト値 –