bioinformatics

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kmer <a href="https://en.wikipedia.org/wiki/K-mer" rel="nofollow noreferrer">https://en.wikipedia.org/wiki/K-mer</a></p> <p>に関してはC++

で最も一般的なK-マーとapperanceのその数を見つける私は大FASTQファイルの中で最も頻度の高いK-マーを見つけようとしています。私の計画では、misra-griesアルゴリズムを使用して最も頻繁なk-mersを見つけ出し、次に2回目のパスで頻繁にk-merの数をファイル内で検索しました。しかし、私のアルゴリズムは十分に効率的だとは思わない。ここに私の最初のドラフトがあります。私はこのD

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Pythonでテキスト（.fastq）ファイルを編集する方法

私は以下の小さな例のようなファイルを持っています。 4行ごとに1つのIDに関連付けられています。各IDの2行目はNで始まります。最初の行でNを削除したい場合は、それ以外はすべて同じままです。私はそれをPythonで行いたいと思います。あなたはそれをする方法を知っていますか？例： @SRR2163140.1 HISEQ:148:C670LANXX:3:1101:1302:1947 length=

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各ループの結果を新しいデータフレームとして保存

これは私の最初の投稿ですので、何の不自由な点についても心からお詫び申し上げます。私は、関数getProfileData（）を使ってcBioPortalからRNAseqデータを抽出しようとしています。私は、このリストの要素から生成されたパラメータを使って、このリストの各要素に対してこの関数を呼び出す必要があります。私は、この機能によって呼び出されるライブラリー、サンプルの癌およびサンプル遺伝子を含

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Bioformats-Pythonエラー：OMEXML（）を使用すると 'ascii'コーデックで文字 'u'\ xb5'をエンコードできません

バイオフォーマットをPythonで使用して顕微鏡画像（.lsm、.czi、.lif）、名前をつけます）、メタデータを印刷して、画像を表示します。 ome = bf.OMEXML(md)私にエラーが表示されます（下記）。私はそれがmdの中に保存されている情報について話していると思います。 mdの情報がすべてASCIIでないことが好きではありません。しかし、私はこの問題をどのように克服するのですか？

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この大規模なCSVファイルからデータをすばやく抽出するにはどうすればよいですか？

私は16の核からのゲノムデータを持っています。最初の列は核を表し、次の2つの列は足場（ゲノムのセクション）および足場の位置をそれぞれ表し、最後の2つの列はそれぞれヌクレオチドおよびカバレッジを表す。異なる核内で同じ足場と位置が存在し得る。開始位置と終了位置（足場とそれぞれの位置）の入力を使用して、開始から終了までの範囲内の各ニュークリアのデータ（ヌクレオチドとカバレッジ）を示すcsvファイルを出

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バンファイルのm番目の染色体からn番目の読み込みを取得します

私は現在htslibを使用していますが（bamtoolsも使用できますが）thisなどの連続読み込みを取得できますが、このコードを編集する方法が不思議ですm番目の染色体からn番目の染色体を読み取るのではなく、それを連続的に読み取ることです。これは可能ですか？

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regexprとの最後のマッチの位置を見つけよう

この質問は適切であると思います。私はそれがすべての一致の位置や長さを返しますgregexpr使用する場合一方で、それは、私の最初の試合の位置（および長さ）を返しregExprの使用している場合は > x <- "ABCDDDDDABC" ：私はのような文字列を持っている場合。 > regexpr("ABC",x) [1] 1 attr(,"match.length") [1] 3 a

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データフレーム出力を持つ配列のベクター内のモチーフのベクターを検索する

xと呼ばれる文字列のベクターに一連のヌクレオチド配列があります。 xにいくつかのモチーフがあるかどうかを確認したいと思います。私は行がXの配列であり、列がパターン/モチーフがベクトルsdseqsにあるデータフレームまたはテーブルを作成したいと思います。 sdframe <- data.frame sdseqs = c("AGGAG.+ATG", "AGAAG.+ATG","AAAGG.+ATG

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R：コンセンサス出力をデータフレームに変換する

現在、Bioconductorの「msa」パッケージを使用して複数の配列アラインメントを行っています。私はこれを使ってコンセンサス配列（msaConsensusSequence）と保存スコア（msaConservationScore）を計算しています。これは私に値である出力を与えます... ConsensusSequence：（小文字= 20％+保全、大文字= 80％+保全、= < 20％保護）