bioinformatics

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私は、配列、長さ、ヌクレオチド/アミノ酸含量などの情報を与えるmultiFASTAファイルを処理できるバイオインフォマティクスツールがあるかどうかを知りたいと思っていました。また、RバイオコンダクタソリューションやBioPerlモジュールもありますが、何も見つけられませんでした。私を助けることができますか？ありがとうございます:-)

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効率的な経験的CDF計算/記憶

私はいくつかの確率変数の分布をあらかじめ計算しようとしています。特に、これらのランダム変数は、ゲノム内の場所で評価された関数の結果であるため、それぞれに10^8または10^9の値があります。関数はかなりスムーズなので、私は2/10/100ごとに評価するだけで多くの精度を失うとは思わない？これには関係なく、多数のサンプルが存在することになります。私の計画は、各関数の分位表（おそらく百分位数）を事前計

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ウェブサイトのフロントエンドで一般的なDNA配列データベースを作成するための既存のソリューションはありますか？

BLASTやHMMERのようなアライメントアルゴリズムを使って多数の配列を検索したいというのは生物学の分野でよく見かけるので、私は研究室のウェブフロントエンドでrRNA配列データベースを作成したいと思ったウェブサイトの検索フォームで一般的な配列データベースを簡単に作成できる既存のphp/python/railsプロジェクトがあれば？更新：GMODは、私が探していたサーバーのタイプです。私はまた、

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は（<a href="http://www.scfbm.org/content/3/1/2" rel="nofollow noreferrer">LSID Tester, a tool for testing Life Science Identifier resolution services</a>を参照）<strong>ライフサイエンス識別子</strong>についての論文では、ホスト名とTCP/IP

を見つけるために、DNSサービスレコードを照会、博士ロデリックDMページは書きました：はLSID骨壷を考える：LSID **： ubio.org **：namebank：11815、_lsid._tcpのSRVレコードのDNSを照会します。 ubio.orgは、animalia.ubio.org:80をubio.org LSIDサービスの場所として返します。私はUNIX上ホストコマンドを使用し

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バイオインフォマティクスのデータ構造

バイオインフォマティクスに関係する誰かが知っておくべきデータ構造は何ですか？私はリスト、ハッシュ、バランスのとれた木などについて誰かが知っているはずですが、ドメイン固有のデータ構造があると思います。この主題に専念する本はありますか？

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モチーフのFASTAファイルを検索し、モチーフを含む各シーケンスのタイトル行を返す

以下は、ユーザ提供のモチーフのコマンドラインで入力したFASTAファイルを検索するためのコードです。私がそれを実行し、私が知っているモチーフを入力すると、それは「Motif not found」を返します。私はPerlの唯一の初心者ですが、タイトルラインを返すことなく、見つけたモチーフを印刷する方法を見つけ出すことはできません。私はこれを解決するための任意の助けに感謝します。ありがとうございまし

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2つの文字列でのベースオーバーラップ数と内部ギャップの検出

私はこれと同じ長さの2つの文字列を比較する必要があります。オーバーラップベース（。）と内部ギャップ（*）を探したい。オーバーラップの ------ACTAAAAATACAAAAA--TTAGCCAGGCGTGGTGGCAC -----TACTAAAAATACAAAAAAATTAGCCAGGTGTGGTGG--- ................**.................

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バイオインフォマティクスに最適なOS？

バイオインフォマティクス作業に最適なオペレーティングシステムは何ですか？ 64ビットWindows、Linux/Unix、またはOS Xのツールのほとんどは何ですか？

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biopythonのための最高のクラウドコンピューティングプラットフォームは何ですか？

私は現在、建物や大容量のデータを操作するために、バイオインフォマティクスのWebアプリケーションを実装する（シニアプロジェクトとして）働いて&それらのいくつかの複雑な作業いくつかを私はそれ何クラウドコンピューティングプラットフォームのためのbiopythonを使用しています最高ですし、なぜですか？事前

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タンパク質配列（文字列）内で複数のモチーフ（部分文字列）を見つけるにはどうすればよいですか？

次のスクリプトは、タンパク質配列中に1つのモチーフを見つけるためのスクリプトです。 use strict; use warnings; my @file_data=(); my $protein_seq=''; my $h= '[VLIM]'; my $s= '[AG]'; my $x= '[ARNDCEQGHILKMFPSTWYV]'; my $regexp = "($h){4}