PDBファイルをR言語のデータフレームに変換するにはどうしたらいいですか？

Question

私はこの試みた：

proteins <- read.pdb("exampleFile.pdb") 

をそして私は、データフレームにタンパク質を変換しようとした：

as.data.frame(proteins) 

しかし、Rは、それがクラス "C（" PDB "" SSEを強制することはできませんと言っています"）"をデータフレームに追加します。私はbio3dパッケージを使用しています。

Answer 1

PDBファイルのアトムにのみ興味がある場合は、atomでアクセスできます。

原子

全原子ATOM/HETATMとレコードタイプごとの列ごとに行と、ATOMとHETATM座標データを含むdata.frame。

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library('bio3d') 
protein <- read.pdb('~/Downloads/1ubq.pdb') 
df <- as.data.frame(protein$atom) 
print(df) 

 type eleno elety alt resid chain resno insert  x  y  z o  b segid elesy charge 
1  ATOM  1  N <NA> MET  A  1 <NA> 27.340 24.430 2.614 1.00 9.67 <NA>  N <NA> 
2  ATOM  2 CA <NA> MET  A  1 <NA> 26.266 25.413 2.842 1.00 10.38 <NA>  C <NA> 
3  ATOM  3  C <NA> MET  A  1 <NA> 26.913 26.639 3.531 1.00 9.62 <NA>  C <NA> 

[...]