bioinformatics

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Pythonユーザ定義関数の内部で正規表現にパラメータを渡すにはどうすればよいですか？</p> <p>「TTATGACGTTATTCTACTTTGATTGTGCGAGACAATGCTACCTTACCGGTCGGAACTCGATCGGTTGAACTCTATCACGCCTGGTCTTCGAAGTTAGCA」</p> <p>そして、私は3つのエントリ（例えば、例えばTTAまたはGTT）のいずれかのインスタンスを見つけるためにre.findallのような正規表現を使用したいと思います：

は、私のような文字列を持っていると言います。これは可能なようにサブ文字列をユーザー定義関数に渡すことができますか？私は「TTA」のようなコドンのためのいくつかの入力を使用して、上記与えた私の文字列で、この関数を呼び出すしようとすると、しかし、私のように取得するすべての def finder(sequence, codons): Y = re.findall(r'codons',sequ

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複数のスクリプトが同時に実行されている場合のLuigiワーカーの数を制限する

同時にいくつかのLuigiワークフローを実行すると、ワーカーの数が合計されます。これは、2つのワークフローを一緒に実行し、luigi.cfgファイル内で作業者の数がnに設定され、ワークフローでn人以上の作業者が同時に使用される場合、中央スケジューラは、 2xn労働者。 Luigiのマニュアルでは、同時に12のワークフローを実行しても、労働者数をnに制限する方法が見つかりませんでした。このは、

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Pythonで特定の角度でグラフを下げるにはどうすればいいですか

私は現在、「やっている」プログラムをコーディングしており、DNAサンプルの位相解析をプロットしていますが、何かが間違っています：Output plot HERE!右側の画像はMATLABどのように見えるべきかの例です。私のプログラムからは左の画像が出力されます。あなたが見ることができるように青いグラフは右に見えますが、それは異なった角度の下にあります。私はコードをチェックしました。それは私のプログ

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Python 3.5経由でWindows 10上でBETを使用しているときに「コマンド 'bet'が見つかりません」というエラーが発生しました

.nii画像で脳抽出を実行する必要があります。私はWindows 10でAnacondaを使用しており、Python 3.5.4に基づいた環境を持っています。 Nipypeオン私はFSLからBETを発見し、私はコードを追っ： mybet = fsl.BET() mybet.inputs.in_file = 'example.nii' mybet.inputs.out_file = 'exa

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スコアマトリックスからの隠れマルコフモデル

私はバイオインフォマティクスのコースをやっています。 Imは、位置特定確率行列（PSPM）から隠れマルコフモデル（HMM）をモデル化する方法を理解しようとしています。どのようにモデル化すればよいか明確なパターンはありますか？ PSPMに基づいて3つ以上の州でそれをモデル化する方法を教えてもらえますか？私はPSPMの例を提供しますが、あなた自身で自由に使用することができます。例はMITコースか

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は、誰もがRで単眼鏡パッケージを使用して任意の経験を持っている場合はモノクル

以内に設定されたセルのデータをサブセット化。私が試してみました： [email protected]$sampleNames <- example.cells をしかし、私はこのエラーを取得しています： replacement has 661 rows, data has 5809 私はサブセットしようとしているオブジェクトがでスーラオブジェクトから作成されたセルのデータセット（CDS）であ

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DESeq2 -

私はRにRcppArmadilloBiocLiteライブラリをインストールしようとしています、それは私に次のエラーを与えているRcppArmadilloエラー：私はUbuntu 12.04、R - 3.2.5とg++-5.4を使用しています /usr/bin/ld: cannot find -lgfortran collect2: error: ld returned 1 exit status

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Rパッケージを使用して結合物PyMOLを描くBio3d

Rパッケージを使用するbio3dタンパク質の2つの原子の間に結合を描き、pymol()を使って構造をPyMOLに解析したいと思います。私は原子sele.1とsele.2との間の結合/タンジェント/ライン描画したいと思います。この例では library(bio3d) # Import PDB file pdb <- read.pdb(system.file("examples/1hel.pdb

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FSLがNeuroDebianのUbuntu 16.04にインストールされない

FSLをUbuntu 16.04 64ビットにインストールしようとしています。私はneurodebianウェブサイトでprocedureに続き、正しいパッケージを選択し、ALLソフトウェアを指定しました。私はパイプが私のsudoのパスワードを求めるプロンプトを表示せずにハングアップ、私の端末でコマンドをコピー＆ペースト： wget -O- http://neuro.debian.net/lis