bioinformatics

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    ete3：分類法IDから分類法ランク名を取得するにはどうすればよいですか？

    は、私は、識別子の束を変換するために、これを使用したいが、私は分類学上のランクは、各分類コードに割り当てられているかを正確に知る必要があります。下に示すのはコンバージョンの例ですが、タクソノミの呼び出しのラベルを何にするかわかりません。基本的な分類学上のランクは以下のとおりです。（ドメイン、王国、門、クラス、順序、科、属、及び種）https://en.wikipedia.org/wiki/Taxo
    python bioinformatics taxonomy ncbi ete3 2017-09-10

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    awkを使ってfastaファイルからシーケンスのグループを選択する際の問題

    私のfastaファイルをサブセット化して、特定の母集団に属するシーケンスを検索したいと思います。以下は私のファイルのサンプルです。 >CLocus_12706_Sample_44_Locus_36326_Allele_0 [JoJo_s113.fq; groupI, 125578, +] TGCAGCATGCTGGTGAACGCGTCATCATAAGCCTGTTGGCGAGCCAGCAGAAGG
    unix awk bioinformatics fasta 2017-09-12

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    SeqIO.indexによって生成された辞書から項目を削除する

    私はPython 2.6.6を使用していますが、fastqの読み取りを、file2で、file1で重複している（つまり一致しています）を削除しようとしています。ここで私が実装しようとしているコードは次のとおりです。 ref_reads = SeqIO.index("file1.fastq", "fastq") spk_reads = SeqIO.index("file2.fastq", "fas
    python dictionary bioinformatics biopython fastq 2017-09-13

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    マルチスレッディングでRでシェルスクリプトを実行する

    コマンドシステム（）ではRのシェルスクリプト（NCBIのBLAST +）を実行したいが、シェルスクリプトに複数のスレッドを設定してもスレッドは1つしかないようだ。この場合、複数のスレッドを使用するにはどうすればよいですか？ コードは、私がRで16個のコアと、この実行を取得するにはどうすればよい system("blastp -query query.fasta -db db.fasta -num_
    r multithreading parallel-processing bioinformatics blast 2017-09-13

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    Pythonで文字列検索を最適化する

    大規模な50 MBのDNA配列と15文字程度の小さなものを与えたPythonプログラムを書く必要があります。これは15文字すべての配列のリストを返します。 1つは与えられただけでなく、大きなもののどこにあるのか。 私の現在のアプローチは、最初にすべてのサブシーケンスを取得することです。その後、 def get_subsequences_of_size(size, data): seque
    python bioinformatics 2017-09-17

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    スネークメイクペアアナライザのエンコード方法

    ペアサンプル（腫瘍と正常）を使用してgatk再較正を使いたいです。私はパンダを使ってデータを解析する必要があります。それが私が怒ったものです。 expand("mapped_reads/merged_samples/{sample[1][tumor]}/{sample[1][tumor]}_{sample[1][normal]}.bam", sample=read_table(config["co
    bioinformatics snakemake 2017-09-19

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    Snakemakeのルール

    私はバイオインフォマティクスのパイプラインを作成するためにsnakemakeを使いたいと思っていましたが、私はそれをgoogledしてドキュメントやその他のものを読んでいましたが、それでも動作する方法はまだ分かりません。 生データファイルのいくつかを以下に示します。 RAWDATA/010_0_bua_1.fq.gz、RAWDATA/010_0_bua_2.fq.gz RAWDATA/11_15_
    bioinformatics snakemake 2017-09-25

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    より大きなDNA配列内のファジー配列の出現をカウントする

    大きな配列（F）内で発生する小さなDNA配列（R）の数を検索してカウントしようとしていますが、Rには数文字変数。私が考えることができる最も簡単な方法は、Rの比率を設定し、Fの80％を超えるすべてのヒットをカウントすることですが、これを行うようなコマンド（difflibのSequenceMatcherやget_close_matchesなど）は動作するリストが必要です。私はそのようなリストにFを入れ
    python-2.7 bioinformatics fuzzy-search 2017-09-27

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    ファイルを解析してPythonの文字列を修正してください

    私は特定の遺伝子を抽出したい遺伝子バンクファイル.gbkを持っています。私の問題は次のとおりです。 ファイルを処理するには、各軌跡のヘッダーが特定の形式でなければならず、ファイル内にはありません。私は、ファイルを解析し、次のようにヘッダを置き換えたい： LOCUS NODE_1_length_393688_cov_17.8554393688 bp DNA linear BCT22-MAY-20
    python bioinformatics 2017-09-30

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    biopythonアライメントのアンバンドドインデックス

    初めてbiopythonを使用しています。これが基本的な質問であれば私を許してください。 私はシーケンスを入力し、それらを整列させ、元のシーケンス（ungapped）と整列されたシーケンス（gapped）のインデックス位置を参照できるようにしたいと思います。 私の実際の世界の例はエノラーゼ（Uniprot P37869およびP0A6P9）です。基質結合リジンは、大腸菌では392、枯草菌では389で
    python bioinformatics biopython sequence-alignment 2017-10-02
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