sequencing

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Pythonの2つの文字列間の特定のパターンを探しています - fastqファイル - シーケンシングの読み込み

私は2つの特定の文字列間の文字列を探すのに役立つコードをPythonで記述しようとしています。単一の文字列でコードを実装すると、目的の出力が得られます。しかし、配列の配列にパターンをマッチさせる必要があります。それは私にエラーを投げつけ続けます。私は単一の文字列をしようとすると、 import re def find_between(prefix, suffix, text): pattern

python pattern-matching jupyter-notebook fastq sequencing 2017-06-20

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FASTQファイルの対になっている不一致をフィルタリングするためのpythonスクリプトのパフォーマンスを改善しました

私はいくつかの対のエンドシーケンシングデータを持っています。ただし、ファイルが適切にペア設定されていません。読み取りペアファイルを一貫性を持たせるために削除する必要のあるペアのない読み取りがあります。 Trimmomaticのようなソリューションがありますが。自分のスクリプトのパフォーマンスをどのように向上させるかについての提案が必要です。現在のバージョンでは、毎秒約10,000件のレコードが処理

python oop fastq sequencing 2016-04-09

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Rの列の値を順次減らす

現在、列の値を特定の合計量だけ減らしてその量がゼロになるまで減らそうとしています。たとえば、このコードで作成されたデータフレームに： df = data.frame(matrix(0,nrow=10,ncol=2)) colnames(df) <- c("AccountNumber", "BuyAmount") overbuy <- 500000 df$AccountNumber <- se

r dataframe while-loop sequencing 2016-08-08

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App-V 5.1のパッケージバージョンGUID

私はApp-V 5.1を使用しています。 [Change History]タブの[Package Version GUID]は何を意味するのですか？ [プロパティ]タブの[パッケージバージョンGUID]とは異なります。 また、パッケージを追加した後にこの値が見つかりません。 appv XMLマニフェストにパッケージを公開しています。 この[Change history]タブは何かを意味しますか？

virtualization sequencing appv 2016-08-10

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Trimmomaticではスライディングウィンドウのデフォルト値はありますか？

スライディングウインドウなしでAVGQUAL：20のコマンドを与えると、スライディングウインドウのデフォルト値が設定されますか？

command-line-interface bioinformatics sequencing 2017-06-15

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キメラ配列の検出に利用できるオープンソースツールはありますか？

USearch以外の16s、WGS、WTS配列からキメラ配列を検出および除去するためのツールはありますか？代替手段は商業目的で使用できるようにオープンソースでなければなりません。

bioinformatics genome sequencing 2017-06-22

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perlのサブルーチンで空のファイルを削除する

空の出力ファイルを削除するために、次のスクリプトでコードを追加します。 1つのfastqファイルまたはフォルダ内のすべてのfastqファイルをfasta形式に変換すると、すべての出力fastaファイルはfastqファイルと同じ名前になります。 （NNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGTGAAGAATGCGACGTACAGGATCATCTA）を指定したすべてのシーケンスを除外するオプションがあ

perl bioinformatics fasta fastq sequencing 2017-01-24

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スプリットフレーズにテキストと私は、このシーケンスを持っている彼らに

を列挙何か考え始めるのですか？ ありがとうございます。

python sequencing 2017-03-21

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bowtie2の実行中にbreseqにエラーが発生しました

最近、breseqを使用していくつかの細菌のシーケンシングデータを分析しようとしました。しかし、breseqがbowtie2を使用して生データを参照ゲノムに整列させると、私は致命的なエラーを受けました。ここで は、私が得たエラーの重要な部分である： +++ NOW PROCESSING Read alignment to reference genome [system] bowtie2-buil

bioinformatics genome sequencing variants 2017-02-01

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ループ内の複数のfastaファイルのfastaヘッダーにファイル名を追加

私は10個のfastaファイル（各ファイルは10個のサンプルからそれぞれ20個の遺伝子配列を持つ）を持っています。私は10個のサンプルから各遺伝子に特有の20個のファイルを作成したいと思います。 pyfasta extract --header --fasta $sample.fasta gene_name1 >> gene_name1.fasta pyfasta extract --heade

bash awk bioinformatics fasta sequencing 2017-08-22

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