bioinformatics

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リストのインデックスがPython 2で範囲外です。

私は上記のコードを、より大きなコードの一部として解析しています。私はコードを実行するたびに、次のエラーメッセージ "範囲外リストインデックス"を取得します。私はフォルダを印刷ので、私はそれらを参照してください、と私は、次のプリントを得る： "velvet_results2/velvet_results_assembly/my_sample_velvet を"。 my_sample_velvetフォ

python python-2.7 bioinformatics 2017-08-04

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TCGABiolinksエラー：名前の誤り（y）< - 1：長さ（y）： '名前'属性[2]はベクトル[0]と同じ長さでなければなりません

なぜ、 TCGABiolinksの正規化ステップを実行していますか？

r normalization bioinformatics bioconductor 2017-08-12

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PSで簡単に色を塗る

私は、njplotが出力する系統樹を含む追記ファイルを持っています。基本的には、行末に行とラベルで構成されています。今は白黒ですが、私は異なる木々の違いをマークしたいと思います： 以下は私のファイルのうち、3つのラベルだけを使った短いものです。 a）作成するために何をする必要がありますか。 "B. ovis 25840"が赤で表示されますか？ b）はどのように私の周りのボックスを作ることができるよ

bioinformatics postscript 2017-08-14

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1つの列の値が行の名前になるようにデータフレームを並べ替えるにはどうすればよいですか？

私は約450Kのメチル化ベータ値を含むデータフレームを持っています。 2つのサンプルについて450プローブ。このデータは、3つの列に表示され、次のようになりますされています >head(ICGC) submitted_sample_id probe_id methylation_value 1 X932-01-4D cg00000029 0.6 2 X932-01-6D cg00

r dataframe bioinformatics transpose tidyverse 2017-08-18

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ループ内の複数のfastaファイルのfastaヘッダーにファイル名を追加

私は10個のfastaファイル（各ファイルは10個のサンプルからそれぞれ20個の遺伝子配列を持つ）を持っています。私は10個のサンプルから各遺伝子に特有の20個のファイルを作成したいと思います。 pyfasta extract --header --fasta $sample.fasta gene_name1 >> gene_name1.fasta pyfasta extract --heade

bash awk bioinformatics fasta sequencing 2017-08-22

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使用猿はFASTAファイルを位相と出力としてDNAbinファイルを作成し、その後、PEGAS

私は非位相FASTAファイルの読み込みとAPEを使用してそれを廃止して、計算するのは非常に簡単なタスクを完了しようとしているを使用して、田島のDをテストしますPEGASを使用して田島のDが、#myデータが正しく読みしていないようです。入力と出力は#followsのとおりです。 library("ape") library("adegenet") library("ade4") library

r bioinformatics 2017-08-31

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snakelikeで書かれた経路解析

私はRNA-Seqデータを持っており、経路解析をしたいと思います。 snakemakeで経路分析のワークフローが作成されているかどうかは誰にも分かりますか？ ありがとうございます。

bioinformatics snakemake 2017-08-31

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mas5正規化エラー：継承された関数のメソッドが見つかりません

ゴール：mas5データを正規化します。 問題：私は、次のRコードをしようとしたとき、私はこの error: unable to find an inherited method for function bg.correct for signature ExpressionFeatureSet, character を取得し、私はSOに見て、次を発見した：What does this mean

r bioinformatics bioconductor 2017-09-04

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snakemakeルール（.fq対.fq.gz）に少し異なる入力を受け入れる

私はsnakemakeに新しく、ファイルのファイルのいずれかまたはtrim_galoreのペアを取ることができます。トリミングされた出力ファイルのペアを取得します。私のSnakefileをすべて与えることなく、ルールをコピーして入力を変更したところ、以下の醜い解決策があります。よりよい解決策は何でしょうか？入力機能を使用して #Trim galore paired end trimming rul

bioinformatics snakemake 2017-09-06

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のpython：今、私は数を計算する関数を作成しようとしている、タイトルが言うようにノード</p> <p>あたりの「ルーピングパス」の＃を計算する方法について見て：networkX

EDITで出力パスへの入力を見つけますネットワーク内の任意のノードに対する「信号経路」。ノードの信号経路は、複数の入力のうちの1つから、そのノードがその一部である複数の出力の1つへの経路である。私はすでに誰かが作成したアルゴリズムを使用しています。all_simple_pathsは、入力から出力までのすべてのパスを返すジェネレータです。 しかし、私のコードが正しく見えても、私は間違った結果を得てい

python path network-programming bioinformatics networkx 2017-08-03

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