clusterProfilerを使用したorg.Hs.eg.dbの問題

Question

これはなぜ動作しないのですか？ org.Hs.eg.dbを呼び出す間違った何か。

ego <- enrichGO(gene   = gene.df, 
       universe  = names(geneList), 
       OrgDb   = org.Hs.eg.db, 
       ont   = "CC", 
       pAdjustMethod = "BH", 
       pvalueCutoff = 0.01, 
       qvalueCutoff = 0.05, 
       readable  = TRUE) 

    > head(geneList) 
      ENSEMBL ENTREZID SYMBOL 
1 ENSG00000000419  8813  DPM1 
2 ENSG00000000457 57147 SCYL3 
3 ENSG00000000460 55732 C1orf112 
4 ENSG00000000971  3075  CFH 
5 ENSG00000001036  2519 FUCA2 
6 ENSG00000001084  2729  GCLC 

> head(gene.df) 
      ENSEMBL ENTREZID SYMBOL 
1 ENSG00000100427 23209 MLC1 
2 ENSG00000008517  9235 IL32 
3 ENSG00000081237  5788 PTPRC 
4 ENSG00000162645  2634 GBP2 
5 ENSG00000000971  3075 CFH 
6 ENSG00000115415  6772 STAT1 

Error in enrichGO(gene = gene.df, universe = names(geneList), OrgDb = org.Hs.eg.db, : 
    unused argument (OrgDb = org.Hs.eg.db) 

Answer 1

問題はRStudioにRの古いバージョンでした。

Answer 2

データフレームのentrez列に移動してみます。例えば

：

ego <- enrichGO(gene   = gene.df$ENTREZID, 
       universe  = geneList$ENTREZID, 
       OrgDb   = org.Hs.eg.db, 
       ont   = "CC", 
       pAdjustMethod = "BH", 
       pvalueCutoff = 0.01, 
       qvalueCutoff = 0.05, 
       readable  = TRUE)