fasta

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Pythonで.strip（）を使って文字を取り除くことはできません

私は生物学者であり、いくつかのファイルを処理するためのクイックスクリプトを作成する必要があります。 ファイル形式は、FASTAある： >line1 ACCGAGCTACTAGXXXXX >line2 ACGTAX エトセトラ。 私はすべてのXの文字を削除し、すぐにこのスクリプトtoghether載せていきたいと思います： print """Input file must be named

python strip fasta 2017-11-22

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追加はテキスト（bashのを使用して？）

誰かがこれらの線のそれぞれについて、次の形式 sp|Q9NYW0|T2R10_HUMAN Taste receptor type 2 member 10 OS=Homo sapiens sp|Q9NYV9|T2R13_HUMAN Taste receptor type 2 member 13 OS=Homo sapiens のエントリを持っている私のFASTAファイルを、編集する戦略を思い付

bash fasta 2017-10-09

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ループ内の複数のfastaファイルのfastaヘッダーにファイル名を追加

私は10個のfastaファイル（各ファイルは10個のサンプルからそれぞれ20個の遺伝子配列を持つ）を持っています。私は10個のサンプルから各遺伝子に特有の20個のファイルを作成したいと思います。 pyfasta extract --header --fasta $sample.fasta gene_name1 >> gene_name1.fasta pyfasta extract --heade

bash awk bioinformatics fasta sequencing 2017-08-22

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遺伝的アルゴリズムとファストパス・シーケンスの構文のためのPython辞書

これについて、誰かが私にこの特定の行構文を説明することができますか（これは長くない、3行の長さではありません）、辞書の定義を作成し、 nameHandleを使用して： ラインを私は理解していないこと＃ def getfasta(file): #creating the definition nameHandle=open('fastas.txt,'r') #(this is

python dictionary fasta genetics 2017-10-13

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perlがシーケンスに少なくとも3つのユニークな塩基が含まれているかどうかを確認し、削除しない場合は

私はfastaファイルを持っています。私は "N"を含む配列を削除する必要がありますか、少なくとも3つのユニークな塩基を含んでいません。 これまでのコードは以下の通りです。また、シーケンスIDラインを削除すると、削除したシーケンスの進行状況が表示されます。あなたのコードが間違って何 #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; open FILE, '

regex perl fasta 2017-10-18

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SeqIOディクショナリをFastaファイルとして書き込む

私は元々、自分のfastaシーケンスをBio.SeqIO.to_dictステートメントで辞書に変換しました。私は、部分集合の辞書をfastaファイルに書き戻したいと思います。 Testは、fastaヘッダーをキーに、シーケンスをインデックスとして持つpython辞書です。 SeqIO.writeを利用しようとする マイコード： with open("example.fasta", "w") as

python dictionary biopython fasta 2017-10-27

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特定の文字列で始まる行を削除するにはどうしたらよいですか？

私は遺伝子配列ファイルを持っており、各遺伝子のヘッダーを変更したいと思います。ここで入力されている： >lcl|CP000046.1_cds_AAW37389.1_1 [gene=dnaA] [locus_tag=SACOL0001] [protein=chromosomal replication initiator protein DnaA] [protein_id=AAW37389.1] [

awk sed fasta 2017-12-18

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既知のシーケンスでfastaファイルからシーケンスとヘッダを抽出する

私は2つのファイルを比較し、他のもののサブセットを持つシーケンスを抽出しようとしています。そして、私は識別子も抽出したいと思います。しかし、私ができることは、サブセットを含むシーケンスを抽出できることです。サンプルファイルは、次のとおりです。 text.fa >header1 ETTTHAASCISATTVQEQ*TLFRLLP >header2 SKSPCSDSDY**AAA >hea

python indexing fasta 2017-09-11

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awkを使ってfastaファイルからシーケンスのグループを選択する際の問題

私のfastaファイルをサブセット化して、特定の母集団に属するシーケンスを検索したいと思います。以下は私のファイルのサンプルです。 >CLocus_12706_Sample_44_Locus_36326_Allele_0 [JoJo_s113.fq; groupI, 125578, +] TGCAGCATGCTGGTGAACGCGTCATCATAAGCCTGTTGGCGAGCCAGCAGAAGG

unix awk bioinformatics fasta 2017-09-12

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Python：あいまいな配列をスキップしながら明白なDNA配列の分子量を出力する

ファイル名（fastaファイル）を引数とし、配列を読み込み、明瞭な配列ごとに配列IDとその配列を出力する関数を書く必要があります。分子量。 fastaファイルには、あいまいなシーケンスとあいまいなシーケンスの両方が含まれています。 これまでのところ、私はこれらの2つのコードを別々に単独で動作させています。私はfastaファイルのあいまいなシーケンスをスキップし、あいまいなシーケンスで分子量を計算す

python biopython fasta dna-sequence 2017-12-22

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