perlがシーケンスに少なくとも3つのユニークな塩基が含まれているかどうかを確認し、削除しない場合は

Question

私はfastaファイルを持っています。私は "N"を含む配列を削除する必要がありますか、少なくとも3つのユニークな塩基を含んでいません。 これまでのコードは以下の通りです。また、シーケンスIDラインを削除すると、削除したシーケンスの進行状況が表示されます。あなたのコードが間違って何

#!/usr/bin/perl 
use strict; 
use warnings; 

open FILE, '<', $ARGV[0] or die qq{Failed to open "$ARGV[1]" for input: $!\n}; 
open match_fh, ">$ARGV[0]_trimmed.fasta" 
    or die qq{Failed to open for output: $!\n}; 

while (my $line = <FILE>) { 
    chomp($line); 

    if ($line =~ m/^>/) { 
     print match_fh "$line\n"; 

     my @data = split(/\|/, $line); 

     my $nextline = <FILE>; 

     if ($nextline !~ /N+/g) { 

      if ($nextline =~ /[ATGC]{3}/g) { 

      } 
      print match_fh "$nextline"; 
     } 
    } 
} 

close FILE; 
close match_fh; 



INPUT 
>seq1 
ATGCGGGATGATCCGAACGTTTAATCTCGTATGCCGTCTTCTATCTCNNN 
>seq2 
GATGAGCTTGACTCTAGTCCATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTATCTCGTA 
>seq3 
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTC 
>seq4 
TGGTACTGTAAGCATGAGAGTAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAA 

OUTPUT 
>seq2 
GATGAGCTTGACTCTAGTCCATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTATCTCGTA 
>seq4 
TGGTACTGTAAGCATGAGAGTAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAA 

Answer 1

while(my $head = <FILE>) { 
    next if($head !~ /^>/); 
    $_=<FILE>; 
    if(!/N+/ && /A/+/T/+/G/+/C/ >= 3) { 
    print match_fh $head, $_; 
    } 
}