特定の文字列で始まる行を削除するにはどうしたらよいですか？

Question

私は遺伝子配列ファイルを持っており、各遺伝子のヘッダーを変更したいと思います。ここで入力されている：

>lcl|CP000046.1_cds_AAW37389.1_1 [gene=dnaA] [locus_tag=SACOL0001] [protein=chromosomal replication initiator protein DnaA] [protein_id=AAW37389.1] [location=544..1905] [gbkey=CDS] 
ATGTCGGAAAAAGAAATTTGGGAAAAAGTGCTTGAAATTGCTCAAGAAAAATTATCAGCTGTAAGTTACTCAACTTTCCTAAAAGATACTGAGCTTTACACGATTAAAGATGGTGAAGCTATCGTATTATCGAGTATTCCTTTTAATGCAAATTGGTTAAATCAACAATATGCTGAAATTATCCAAGCAATCTTATTTGATGTTGTAGGCTATGAAGTTAAACCTCACTTTATTACTCTGAAGAATTAGCAAATTATAGTAATAATGAAACTGCTACTCCAAAAGAAACAACAAAACCTTCTACTGAAACAACTGAGGATAATCATGTGCTTGGTAGAGAGCAATTCAATGCCCATAACACATTTGACACTTTTGTAATCGGACCCGGTAACCGCTTTCCACATGCAGCGAGTTTAGCTGTGGCCGAAGCACCAGCCAAAGCGTACAATCCATTATTTATCTATGGAGGTGTTGGTTTA 

>lcl|CP000046.1_cds_AAW37390.1_2 [gene=dnaN] [locus_tag=SACOL0002] [protein=DNA polymerase III, beta subunit] [protein_id=AAW37390.1] [location=2183..3316] [gbkey=CDS] 
ATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGAACAACATTACCTATATTAACTGGTATCAAAATCGATGCGAAAGAACATGAAGTTATATTAACTGGTTCAGACTCTGAAATTTCAATAGAAATCACTATTCCTAAAACTGTAGATGGCGAAGATATTGTCAATATTTCAGAAACAGGCTCAGTAGTACTTCCTGGACGATTCTTTGTTGATATTATAAAAAAATTACCTGGTAAAGATGTTAAATTATCTACAAATGAACAATTCCAGACATTAATTACATCAGGTCATTCTGAATTTAATTTAAGTGGCTTAGATCCAGATCAATATCCTTTATTACCTCAAGTTTCTAGAGATG 

予想される出力：

>Saureus1|SACOL0001 
ATGTCGGAAAAAGAAATTTGGGAAAAAGTGCTTGAAATTGCTCAAGAAAAATTATCAGCTGTAAGTTACTCAACTTTCCTAAAAGATACTGAGCTTTACACGATTAAAGATGGTGAAGCTATCGTATTATCGAGTATTCCTTTTAATGCAAATTGGTTAAATCAACAATATGCTGAAATTATCCAAGCAATCTTATTTGATGTTGTAGGCTATGAAGTTAAACCTCACTTTATTACTCTGAAGAATTAGCAAATTATAGTAATAATGAAACTGCTACTCCAAAAGAAACAACAAAACCTTCTACTGAAACAACTGAGGATAATCATGTGCTTGGTAGAGAGCAATTCAATGCCCATAACACATTTGACACTTTTGTAATCGGACCCGGTAACCGCTTTCCACATGCAGCGAGTTTAGCTGTGGCCGAAGCACCAGCCAAAGCGTACAATCCATTATTTATCTATGGAGGTGTTGGTTTA 

>Saureus1|SACOL0002 
ATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGAACAACATTACCTATATTAACTGGTATCAAAATCGATGCGAAAGAACATGAAGTTATATTAACTGGTTCAGACTCTGAAATTTCAATAGAAATCACTATTCCTAAAACTGTAGATGGCGAAGATATTGTCAATATTTCAGAAACAGGCTCAGTAGTACTTCCTGGACGATTCTTTGTTGATATTATAAAAAAATTACCTGGTAAAGATGTTAAATTATCTACAAATGAACAATTCCAGACATTAATTACATCAGGTCATTCTGAATTTAATTTAAGTGGCTTAGATCCAGATCAATATCCTTTATTACCTCAAGTTTCTAGAGATG 

私はsedの

sed '/^>/ d' inputfile > outputfile 

で特定の単語をcongaing行を削除する方法を知っている。しかし、私が取得する任意のアイデアを得ていないのです期待される出力。ここで、最初の部分では、SACOL00を除いて遺伝子のヘッダーのすべてのテキストを削除し、その後にfasta sysmbol ">"をStrainの名前で保存してください。

この種の質問が繰り返された場合はご容赦ください。 GNUで

Answer 1

はsedを：SEDと

sed -E 's/^>.*locus_tag=([^]]*).*/Saureus1|\1/' file 

：

sed 's/^>.*locus_tag=\([^]]*\).*/Saureus1|\1/' file 

---

参照：The Stack Overflow Regular Expressions FAQ

Answer 2

Awkソリューション：

awk '/^>lcl/{ gsub(/^\[[^=]+=|\]$/,"",$3); printf ">Saureus1|%s\n",$3; next }1' file 

出力：

>Saureus1|SACOL0001 
ATGTCGGAAAAAGAAATTTGGGAAAAAGTGCTTGAAATTGCTCAAGAAAAATTATCAGCTGTAAGTTACTCAACTTTCCTAAAAGATACTGAGCTTTACACGATTAAAGATGGTGAAGCTATCGTATTATCGAGTATTCCTTTTAATGCAAATTGGTTAAATCAACAATATGCTGAAATTATCCAAGCAATCTTATTTGATGTTGTAGGCTATGAAGTTAAACCTCACTTTATTACTCTGAAGAATTAGCAAATTATAGTAATAATGAAACTGCTACTCCAAAAGAAACAACAAAACCTTCTACTGAAACAACTGAGGATAATCATGTGCTTGGTAGAGAGCAATTCAATGCCCATAACACATTTGACACTTTTGTAATCGGACCCGGTAACCGCTTTCCACATGCAGCGAGTTTAGCTGTGGCCGAAGCACCAGCCAAAGCGTACAATCCATTATTTATCTATGGAGGTGTTGGTTTA 

>Saureus1|SACOL0002 
ATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGAACAACATTACCTATATTAACTGGTATCAAAATCGATGCGAAAGAACATGAAGTTATATTAACTGGTTCAGACTCTGAAATTTCAATAGAAATCACTATTCCTAAAACTGTAGATGGCGAAGATATTGTCAATATTTCAGAAACAGGCTCAGTAGTACTTCCTGGACGATTCTTTGTTGATATTATAAAAAAATTACCTGGTAAAGATGTTAAATTATCTACAAATGAACAATTCCAGACATTAATTACATCAGGTCATTCTGAATTTAATTTAAGTGGCTTAGATCCAGATCAATATCCTTTATTACCTCAAGTTTCTAGAGATG