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が0でない場合は、Sireを新しいIdに置き換えます。その後、新しい行を追加するたびに、新しいIdとSexが追加されます。たとえば、最初の行の0をs1073と置き換え、データに新しい行を1 s1073 0 0 2として追加する必要があります。同様にDamが0であり、SirがNOT 0である場合、たとえば7行目のデータセットに新しい行を追加する場合、d900でDam 0を返し、データフレームに新し

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Rを使用して1つの新しいデータフレームに複数のモデルから残差を出力するにはどうすればよいですか？

私は、複数の異なる従属変数と出力のように見える新しいファイルに残差に対する独立変数の静的セットのための重回帰モデルを実行したいと思います... SampleID site_residual1 site_residual2 site_residual3 F001 0.003 0.988 0.776 F001 0.002 0.876 0.665 F002 0

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ユーザ作成集団の系譜をどのようにプロットすることができますか？

私は遺伝的ドリフトのWright-Fisherモデルをモデル化するコードを書いた。これは、N個の異なる個体の元々の集団が無限の子孫集団を有し、次いでランダム選択が次世代を決定することを意味する。下の図のように、これらの世代を通して各行に続くグラフを作成したいと思います。 Here one particular ancestor's line is highlighted. Any sort of

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アジェネット内のPCA分析のための集団レベルを定義する

集団が定義されていないgenepopファイルから開始して、アデゲネット内でPCA分析を実行したい。それが動作 datapop <- read.genepop('tous.gen', ncode=3, quiet = FALSE) 、と私は、データをスケーリングした後、PCAを実行することができます。は、私はこのようなデータをインポートしました。しかし、私はs.classを使って起源の母集団

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遺伝的アルゴリズムとファストパス・シーケンスの構文のためのPython辞書

これについて、誰かが私にこの特定の行構文を説明することができますか（これは長くない、3行の長さではありません）、辞書の定義を作成し、 nameHandleを使用して：ラインを私は理解していないこと＃ def getfasta(file): #creating the definition nameHandle=open('fastas.txt,'r') #(this is

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アルファベット順の列の結合

私は4つの列をマージしたいと思います。私は彼らが次のようにマージしたい CHR POS EFFECT_ALLELE NON_EFFECT_ALLELE 1 124 A C 5 378 C T 3 398 T C 3 564 G A ：アルファベット順にマージする： CHR:POS:EFFECT_ALLELE:NON_EFFECT_ALLELE しかし、私は「

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遺伝的アルゴリズムの実装でローカル最大値に達した最大フィットネス

以下のコードに問題があります。それは人口の進化の実装です。私の場合、最大限のフィットネスは毎回ローカルマキシマで打ち切られ、最大可能な値に達することができません。親切にも、必要な編集とその理由があることをお勧めします。 Individual.java package genetic.algorithm.project; import java.util.Random; public cla

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LDおよびMAFが関心のある別のリストにマッチしたSNPのリストを見つける方法

私は遺伝学の初心者です。興味のあるSNPのリストがあり、LDとMAFに一致する別のSNPのリストを探したいと思います。そうするソフトウェアはありますか？これはPLINKでできますか？私は実際にPLINKの使い方を知らない。コメントにあなたの質問に答えるために

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5％以上欠けているデータを持つ行

を見つけて削除し、私はこれまでのところ、私は完全に使用してNASを充填した行と列を削除したこの id1 id2 id3 id4 id5 id6 id7 id8 id9 snp1 1 2 0 NA 1 1 1 2 1 snp2 2 2 2 2 0 2 NA NA 0 snp3 NA NA 1 NA 0 NA NA 2 2 のように見えます（結果と呼ばれる）行列を持っています indexs

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GO.db - 最新のGene Ontologyアノテーションを取得

Gene Ontologyに関する情報にアクセスするには、R（v3.3.2）のGO.dbパッケージを使用しています。私は、GO.dbコマンドを実行して、注釈が古くなっているのを見ることができます。（私は、2017年にリリースされた新しい注釈セットがあることを知っています）。 > GO.db GODb object: | GOSOURCENAME: Gene Ontology | GOSOU