biopython

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pubmedから抄録を取得するための高速かつ効率的な方法はありますか？

私は約2000のPubmed IDを言うための大きな科学的な抽象データをダウンロードしたいと思います。私のpythonコードはゆるやかで、むしろ遅い作業をしているようです。これらの要約を収穫するための迅速かつ効率的な方法はありますか？ これが最速の方法であれば、私はそれを測定することによって、他の人や家庭と比較して仕事の状況（異なるISPがスピードで参加できるかもしれません）になりますか？ 以下の

biopython pubmed 2017-11-20

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誤ったユーザー入力がプログラムをクラッシュさせないようにする

UniProtデータベースからFASTAシーケンスにアクセスしようとしています。現在、UniProtコードを正しく入力すると（6桁の文字列、たとえばP10079など）、誤って入力するとプログラムがクラッシュします。私はまだエラーが発生していますが、正しく入力されるまで、ユーザーが別のコードを再入力できるようにループを作成しようとしました。私はこれを関数で使わなかったのでこれは？ 乾杯 #Get U

python loops input biopython http-error 2017-12-02

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Biopython、 "import bio"のインポートエラー

BiopythonによってAnacondaがインストールされています。 私はimport Bioをしようとすると、私はこのエラーを取得： ModuleNotFoundError: No module named 'Bio' なぜ？

anaconda biopython 2017-12-03

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参照フレームに対してタンパク質座標を移動する方法

タンパク質構造の座標を含むPDBファイル '1abz'（https://files.rcsb.org/view/1ABZ.pdb）があります。ヘッダーの注釈の行を無視してください。興味深い情報は276行目の 'MODEL 1'から始まります。 原点（x = 0、y = 0、z = 0）の基準フレームに対して座標を移動して新しい座標ファイルを生成したいとします。 私はbiopythonチュートリアル

python biopython protein-database 2017-12-14

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SeqIOディクショナリをFastaファイルとして書き込む

私は元々、自分のfastaシーケンスをBio.SeqIO.to_dictステートメントで辞書に変換しました。私は、部分集合の辞書をfastaファイルに書き戻したいと思います。 Testは、fastaヘッダーをキーに、シーケンスをインデックスとして持つpython辞書です。 SeqIO.writeを利用しようとする マイコード： with open("example.fasta", "w") as

python dictionary biopython fasta 2017-10-27

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PyMedTermino-0.3.3のセットアップファイルをコンパイルできません

PyMedTermino-0.3.3のsetup.pyファイルをコンパイルしようとしています。 このメッセージ エラーの取得：」。\ utilsのがパッケージディレクトリを\ setup.pyこの出力 任意の提案が参考になります取得 を構築destination_folderのpythonを入力した後 存在しません。

python-3.x bioinformatics biopython medical snomed-ct 2017-11-01

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Python：あいまいな配列をスキップしながら明白なDNA配列の分子量を出力する

ファイル名（fastaファイル）を引数とし、配列を読み込み、明瞭な配列ごとに配列IDとその配列を出力する関数を書く必要があります。分子量。 fastaファイルには、あいまいなシーケンスとあいまいなシーケンスの両方が含まれています。 これまでのところ、私はこれらの2つのコードを別々に単独で動作させています。私はfastaファイルのあいまいなシーケンスをスキップし、あいまいなシーケンスで分子量を計算す

python biopython fasta dna-sequence 2017-12-22

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なぜpythonはファイルであるときにそれがフォルダであるとエラーを出していますか？

私はプログラムに取り組んでいます。機能の1つは、IDにしたがってfastaファイルをソートすることです。私が理解することはできません File "model.py", line 82, in sorting_files my_file=open(my_fasta_file) IOError: [Errno 21] Is a directory: '/home/path_to_files

python-2.7 biopython 2017-11-05

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私のNCBIログインメールがあっても、Entryzのメールアドレスがbiopythonで指定されていないのはなぜですか？

UserWarning： 電子メールアドレスが指定されていません。 NCBIのE-utilitiesを利用するには、NCBIは各リクエストで 電子メールアドレスを指定する必要があります。たとえば、電子メールアドレス が[email protected]の場合、次のように指定できます。 BioからインポートするEntrez Entrez.email = '[email protected]' E-u

biopython 2017-11-09

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Biopython：MMTFParserが原子間の距離を見つけることができません

私はbiopythonを使用して2つの残基のCアルファ原子間の距離を求めています。ここに私のコードとエラーがあります： `` ` >>> from Bio.PDB.mmtf import MMTFParser >>> structure = MMTFParser.get_structure_from_url('4mne') /Library/Python/2.7/site-packages/B

biopython 2017-11-17

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