fasta

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    シーケンス名を含む2番目のファイルを指定して、AWKを使用してfastaファイルを検索します

    私は2つのファイルを持っています。 1つはfastaファイルで、複数のfastaシーケンスが含まれていますが、別のファイルには検索したい候補シーケンスの名前が含まれています（下記のファイルの例）。 seq.fasta >Clone_18 GTTACGGGGGACACATTTTCCCTTCCAATGCTGCTTTCAGTGATAAATTGAGCATGATGGATGCTGATAATATCATTCCC
    awk fasta 2016-07-20

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    以前の配列の長さを加算した後の配列の長さを計算する

    マルチファイアファイル内の個々の配列の長さを求めたい。 >Protein1 MNT >Protein2 TSMN >Protein3 TTQRT とコード利回り： from Bio import SeqIO import sys cmdargs = str(sys.argv) for seq_record in SeqIO.parse(str(sys.argv[1]), "fa
    python biopython fasta 2016-07-27

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    Trimを多用してもFastQCが動作しないのはなぜですか？

    私はFASTQファイルを持っており、ファイルを分析するためにFASTQCプログラムを実行することができます。 trim_galoreを使用すると、FASTQC（またはtrim_galoreのFASTQCオプション）はもう機能しません。 $ fastqc ./sub1_val_1.fq.gz これが出力されます。バージョンはtrim_galoreとFastQCの間で正しくないため Started
    unix bioinformatics fasta fastq 2016-08-01

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    fasta（アライメント）ファイルの文字数をカウントする

    これは、シーケンスの先頭または最後にあることを考慮して、fasta（アライメント）ファイルでchar（n）の繰り返しを数える方法を見つけようとします。シーケンス内の文字を無視する。 例： 入力： >chromosome1 ============ nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn T
    awk count char fasta 2016-06-19

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    Swiss-Prot Fastaファイルからインポートシーケンス

    swiss-port（ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.fasta.gz）のfastaファイルを使用しています。「>」で始まる行には、次のものにあるタンパク質の情報があります。酸配列。 遺伝子名（xの遺伝子名である "GN=xxxxxxx"
    python fasta 2016-06-20

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    grepコマンドがいくつかの行の間に " - "を出力するのはなぜですか？

    私はテストここのようなFASTAファイルを持っている：私の好きなシンプルなgrepコマンドを入力すると >HWI-D00196:168:C66U5ANXX:3:1106:16404:19663 1:N:0:GCCAAT CCTAGCACCATGATTTAATGTTTCTTTTGTACGTTCTTTCTTTGGAAACTGCACTTGTTGCAACCTTGCAAGCCATATAAACACATTTC
    grep fasta 2016-06-22

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    変数への正規表現検索の割り当て：初期化されていない変数エラー

    各ファイルに2行のシーケンスを含むディレクトリ内のファイルを開きます。上のシーケンスは下のシーケンスよりも長いが、下のシーケンスを含む。私は、一番上のシーケンスに見つかったら、各方向に2つの隣接する文字で下のシーケンスを拡張したいと思います。私は正規表現のマッチを行うことでこれを試していますが、$ newsequence変数の初期化されていないエラーが発生しています。ここ は、一般的なファイルは次
    regex perl variables fasta 2016-08-11

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    連結されたfastaファイルから、各タンパク質配列内の個々の位置範囲を見つける方法

    この質問はあまりにも一般化されるかもしれませんが、私は完全にこれに固執しています。ヘルプの任意のタイプが認識される： Iタンパク質のFASTAファイル（protein.txt）等を有する： >a mnspq >b rstuvw >c mnqa 注、BおよびCタンパク質の長さ（それぞれ5,6及び4であること総内（ 2-3 4-10 11-14 各タンパク質の長さ：全長は= 15
    bioinformatics fasta 2016-08-18

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    unix splitループ、awk、分割を使ったFASTA

    以下のような長いリストのデータ（INPUT）があります。 データを分割して、以下のような出力が得られるようにしたい（希望のOUTPUT）。 以下のコードは、 "> gi"を含むすべての行を識別し、それらの行の行数をBという配列に保存します。 次に、新しいファイルでは、配列Bの行を短縮版">"の後のテキストの "|"で分割するのが最も簡単な方法だと思ったが、これはうまくいかなかった（ ""を "|"
    unix awk split fasta 2016-08-23

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    bp座標に基づいてfastaシーケンスの一部を抽出します

    私は巨大なfastaファイルを持っていますが、シーケンスの開始と終了の塩基対座標を知っていれば、その一部だけを抽出する必要があります。また、それは1行あたり60 bpの長さのfasta形式でなければなりません。これは私の試みです。もしそれが改善されたと思われるならお知らせください。 from Bio import SeqIO inFile = open('full_chr.fa','r')
    python bioinformatics biopython fasta 2016-08-31
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