SeqIOディクショナリをFastaファイルとして書き込む

Question

私は元々、自分のfastaシーケンスをBio.SeqIO.to_dictステートメントで辞書に変換しました。私は、部分集合の辞書をfastaファイルに書き戻したいと思います。

Testは、fastaヘッダーをキーに、シーケンスをインデックスとして持つpython辞書です。 SeqIO.writeを利用しようとする

マイコード：

with open("example.fasta", "w") as handle: 
SeqIO.write(test, handle, "fasta") 

AttributeError: 'str' object has no attribute 'id' 

は、私が辞書にSeqIOジェネレータオブジェクトを変換することにより、怖いですが、私は簡単に他のSeqIO機能により予想される入力に戻すことができません。

Answer 1

私はこの問題を解決しました。 SeqIO.to_dict変換でも、辞書の値は元のジェネレータクラスです。この辞書をFastaに書き戻すには、単に辞書の値を呼び出します。

with open("example.fasta", "w") as handle: 
SeqIO.write(test.values(), handle, "fasta")