blast

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1列のテキストファイル（blast software output）と、以下のような約40,000行があります。：基本的に、私は、クエリ名とクエリを含む他の列を含む最初の列を持つ複数の列にこれを変換するために、Rまたは端末を使用したいが、新しい列に追加し、それぞれのヒットでヒット入力はこれです Query1 result1 result2 result3 Query2 resul

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結果やタイムアウトがループするのを待つループ

NCBI blast APIとのインタフェースを可能にするために、非常に速いblastスクリプトをrで書いた。しかし、時には、結果のURLが読み込まれるまでに時間がかかり、URLが準備できるまでスクリプトがエラーをスローします。結果が返されるか、指定された時間が経過してからタイムアウトするまで、エラーを処理するためのエレガントな方法（つまりtryCatchオプション）はありますか？ library

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文字列変数をファイルの代わりにBLAST検索に渡すことはできますか？

私はpythonスクリプトを書いており、可能であればFASTA形式のファイルではなく、文字列変数としてblastnに問い合わせのシーケンス情報を渡したいと思っています。 BiopythonのSeqIOを使用して、いくつかの転写物名をキーとして、そのシーケンスを関連値として保存しました。だから、だから、辞書は今、私はブラストクエリおよび対象に、辞書内の配列情報に解析するこの {'var_F': S

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GSONを使用して長いJSONを解析する

このような非常に長いJSONを解析しようとしています。私はGSONを使用し、一部の人々はJSONファイルにすべてを定義するためにクラスを使用していくつかの例を見て、これは、このparticulaケースをaprochするための最良の方法である場合、私は、知らないよ { "BlastOutput2": [ { "report": { "program": "

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qblast XML出力をNCBI BLAST -outfmt 17に変換するにはどうすればよいですか？

NCBIスタンドアロンBLASTでプロジェクトを開始し、-outfmt 17オプションを使用しました。私の目的のために、書式設定は非常に便利です。しかし、私はBiopythonに変更しなければなりませんでした。私は今、qblastを使って配列をNCBI NTデータベースに整列させています。 qblast XMLをNCBI BLASTスタンドアロン-outfmt 17形式に匹敵する形式で保存/変換で

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マルチスレッディングでRでシェルスクリプトを実行する

コマンドシステム（）ではRのシェルスクリプト（NCBIのBLAST +）を実行したいが、シェルスクリプトに複数のスレッドを設定してもスレッドは1つしかないようだ。この場合、複数のスレッドを使用するにはどうすればよいですか？コードは、私がRで16個のコアと、この実行を取得するにはどうすればよい system("blastp -query query.fasta -db db.fasta -num_

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blopy biopythonを使用してファイルを作成せずに

私は、ncbiサーバー上でBLASTを実行している作業コードを持っていて、xml形式のシーケンスを返します。それは動作しているが、私は新しいファイルを作成し、BLAST結果を端末上で直接印刷することを避けたい。これを行うには良い解決策がありますか？私のコードの下に貼り付けていますが、これは動作していますが、新しいファイルを作成しています。 result_handle = NCBIWWW.qblas

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ディレクトリ内のファイルを繰り返し、出力ファイルを作成するlinux

特定のディレクトリ（シーケンスと呼ばれる）のすべてのファイルを繰り返し処理し、各ファイルに対して2つの機能を実行しようとしています。私は個々のファイル上でそれらを実行できるので、関数（blastpとcat行）が機能することを知っています。通常、私はクエリ、出力などの特定のファイル名を持っていますが、ループが多くのファイルを処理できるように変数を使用しようとしています。（免責事項：私はコーディング

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崩壊BLASTのデータフレームは

私はBLAST HSPのデータフレーム（ない表示されているすべての列）があります。 query.id subject.id alignment.length 196 1032519524 1032519523 212 197 1032519524 1032519523 182 198 1032519524 1032519522 212 199 1032519524 10

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次のデータのためにRにcsvファイルを書き込む方法は？

受託番号を使用してTaxonomic階層を取得したいと考えています。私が何をした最も簡単な方法は、私はcsvファイルで結果が欲しいしかし、私はこのからcsvファイルを書き込むことができません Rは私に次の出力、を与えている library('taxize') for (year in c("AY744148.1","AY656167.1","AY656168.1")){print(paste