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なぜ、 TCGABiolinksの正規化ステップを実行していますか?TCGABiolinksエラー:名前の誤り(y)< - 1:長さ(y): '名前'属性[2]はベクトル[0]と同じ長さでなければなりません
なぜ、 TCGABiolinksの正規化ステップを実行していますか?TCGABiolinksエラー:名前の誤り(y)< - 1:長さ(y): '名前'属性[2]はベクトル[0]と同じ長さでなければなりません
私にとって、理由は最初に間違ったgeneInfo
データを提供したためです。私のデータセットでは、geneInfo
データセットで使用されていなかったアンサンブルIDを持っていました(Rの "geneInfo"を入力すると、遺伝子IDの表が表示されます)。
しかし、TCGAbiolinks
は、HTSeq-CountsのデータセットをgeneInfoHT
に設定しています。私の最終的なコマンドは次のようになりました:
dataNorm <- TCGAanalyze_Normalization(tabDF = data1, geneInfoHT)
データの一部が空であるようです。 –
これは空ではなく、htカウントデータを解析するためのバイオコンダクターコードに欠陥があります。 – Kimberly