bioinformatics

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    多くの配列の計算（平均）配列の相違

    私は13塩基から120塩基あり、保存された領域、それらの間の平均発散または非常に発散する異常値を見つけるためにそれらを比較したい。 問題は、この数のシーケンスで試したことは実行できないということです。 だから誰もこのサイズで似たようなことをしてくれましたし、それを達成するためのヒントをいくつか教えていただけますか？または、私が探すべきちょっとしたヒントでしょうか？
    bioinformatics biopython dna-sequence sequence-alignment 2016-09-20

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    PythonでFasta Moonlightタンパク質配列を抽出

    PythonでMoonlighting Protein Database（www.moonlightingproteins.org/results.php?search_text=）のアミノ酸配列を持つFASTAファイルを抽出したいのですが、これは反復プロセスなので、私はむしろ手作業よりもプログラミングする方法を学びたいと思いますが、私たちは2016年です。問題は、私が新人プログラマーなのでコード
    python database data-mining bioinformatics protein-database 2016-09-20

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    端末プログラムのオプションを変更するにはどうすればよいですか？

    Terminal ここのターミナル画像を参照してください。プログラムを実行するときに「許可されたオプション」を変更するにはどうすればよいですか？例：エラー率を変更するにはどうすればよいですか？ 私はあなたがプログラムが何であるかに焦点を合わせるべきではないと思います。それは単なる構文質問です。私はプログラムを実行するときに行の異なる場所に "--error_rate arg 0.1"を配置しようと
    linux terminal bioinformatics 2016-09-27

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    序数説明変数を持つロジスティック回帰

    私はロジスティック回帰モデルをバイナリ結果変数（Therapy）のオッズをモデル化し、序列変数（0,1,2,3 、4）。 Hba1cは連続変数です。 私のクラスステートメントは正しいですか？ 序数変数の各レベルのオッズ比を計算するにはどうすればよいですか？ PROC LOGISTIC data=new; class EyeID Therapy (ref ="0") Stage (param =
    sas bioinformatics 2016-09-28

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    Mykrobe予測子AMR予測が機能しない

    AMR予測をコマンドラインで実行しようとすると、次のエラーメッセージが表示されます。サンプルデータファイルがMykrobeウェブサイト（https://github.com/iqbal-lab/Mykrobe-predictor/releases/download/v0.1.1-beta/demo_input_file_for_M.tuberculosis_app.fastq.gz）から引き下げた
    python linux sequence bioinformatics 2016-09-30

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    個体の種によって系統樹の先端を着色する

    私は、hereと定義された方法を使ってブートストラップを用いて系統樹を構築しようとしています。私が巨大なデータセットを持っているので、各個人の名前をプロットすること（この例のために1,2,3,4、...という名前が付けられています）は有益ではありません。したがって、私は個人の種を反映するためにヒントを色付けしたい。個々の種の情報は種と呼ばれる、分離行列に格納されていますそれでも species =
    r tree bioinformatics phylogeny ape 2016-09-30

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    leave-one-outからp値を取得するR

    私は96の観測（患者）と1098の変数（遺伝子）のデータフレームを持っています。応答はバイナリ（YとN）であり、予測子は数値です。私はleave-one-outの相互検証を実行しようとしていますが、私の興味は標準誤差ではなく、LOOCVから作成された95個のロジスティック回帰モデルのそれぞれの変数のp値です。これらは、これまでの私の試みです： #Data frame 96 observations
    r bioinformatics cross-validation 2016-10-02

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    データフレームの行を2つのコピーに分割します。

    データフレームには、1つの列に2つの値があるセルがあります。私はその列の値がそのセルの2つの値の1つを含んでいることを除いて、それらのセルの2つの内容を同じ行に分割する必要があります。 X.reagent_short_name X.reagent VIS buffer Excipient 732323 // 2343434 になるだろう：例えば X.reagent_sh
    r bioinformatics 2016-10-03

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    Mykrobe予測子JSONからTSVへの変換

    ファイル変換に関する質問がありました。 Mykrobe-predictorスクリプト（json_to_tsv.py）に基づいてTSVファイルに変換するJSONファイル（AMR予測実行後）があり、これがJSON出力（result_TB.json）です。 ./json_to_tsv.py /path/to/JSON_file 私は、端末にコマンドを貼り付けるとき、私はライン78 https://g
    python json linux bioinformatics 2016-10-04
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