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繰り返し3文字を含まない連続した数字の最長文字列の長さを探しています。これはバイオインフォマティクスに関する質問です。タンパク質配列についてこれを分類しています。 010が基本的には0102340109のように動作しません。しかし、繰り返し3桁が見つからないため、0002223589765のようなものが動作します。私は最も長いシーケンスを見つける必要があります。私はちょっと固まっていて、無知

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Biopython配列の追加エラー（すべて開く）

いいえ。最初に物事を説明しましょう。このコードではBiopythonという名前の特定のモジュールを使用しました。あなたがモジュールに慣れていない場合、問題を解決するために必要な詳細を説明しています。コードは次のとおりです。 #!/usr/bin/python from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser import numpy as np pars

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PythonでFasta Moonlightタンパク質配列を抽出

PythonでMoonlighting Protein Database（www.moonlightingproteins.org/results.php?search_text=）のアミノ酸配列を持つFASTAファイルを抽出したいのですが、これは反復プロセスなので、私はむしろ手作業よりもプログラミングする方法を学びたいと思いますが、私たちは2016年です。問題は、私が新人プログラマーなのでコード

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参照フレームに対してタンパク質座標を移動する方法

タンパク質構造の座標を含むPDBファイル '1abz'（https://files.rcsb.org/view/1ABZ.pdb）があります。ヘッダーの注釈の行を無視してください。興味深い情報は276行目の 'MODEL 1'から始まります。原点（x = 0、y = 0、z = 0）の基準フレームに対して座標を移動して新しい座標ファイルを生成したいとします。私はbiopythonチュートリアル

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Pythonを使用してファイルの異なる行の2つの単語を比較する

私はこのような何かのタンパク質データバンクからのファイルを使って作業しています。 SITE 2 AC1 15 ASN A 306 LEU A 309 ILE A 310 PHE A 313 SITE 3 AC1 15 ARG A 316 LEU A 326 ALA A 327 ILE A 345 SITE 4 AC1 15 CYS A 432 HIS A 435 HO

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サイトスコープのタンパク質の形にネットワークを得るには？

私は細胞ネットワークにロードされたタンパク質ネットワークを持っています。私は、ネットワークのノードをタンパク質の形状/構造に対応する形にしたいと考えています。これは、ネットワークイメージをタンパク質構造イメージに重ね合わせることができるようにするためです。私はRINanalyzerとstructureviz2を試しましたが、それは助けになりませんでした。どんな解決策ですか？

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BioJavaでPDBの代わりにmmCIF形式を使用するにはどうしたらいいですか？私は小さな問題を抱えている

... 私はBioJavaを使用してダウンロードPDB構造のために、私は私が代わりにMMCIFファイルを使用するために何をすべき Structure s = StructureIO.getStructure("code"); 使用する必要があることを知っていますか？

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pdbファイルの辞書のキー

私は.pdbファイルを見て、タンパク質複合体の鎖AとBの異なる残基からのアルファ炭素原子の間の距離を計算し、次に距離を辞書に保存しますチェーン識別子および残基番号。たとえば、最初のアルファ炭素（「CA」）が鎖Aの残基100にあり、それが結合するものが鎖BIの残基123にある場合、辞書はd = {（、100）：[B、123、distance_between_atoms]} from Bio.PD

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アミノ酸結合部位発見、タンパク質データベース

2つの異なる鎖に属する2つの原子が「結合」しているかどうかを調べようとしています。これは、距離（与えられたx、y、z座標を通って見いだすことができる真理値）が、2つの原子のファンデルワールスに0.5Aを加えた値よりも短い場合、それは結合と見なされるという事実に基づいている。問題は、各原子のファンデルワールスをどのように計算するのか分かりませんでした。 PDBでは、原子名はCB1、CAなどであり、単

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PDB trajctoryから各ファイルを解凍

私は、ファイルが、私はすべてのモデルの MODEL 1 [all info] TER ENDMDL 情報を印刷したい REMARK GENERATED BY TRJCONV TITLE Protein in water t= 400.00000 REMARK THIS IS A SIMULATION BOX CRYST1 99.547 99.547 99.547 90.00 9