Mykrobe予測子AMR予測が機能しない

Question

AMR予測をコマンドラインで実行しようとすると、次のエラーメッセージが表示されます。サンプルデータファイルがMykrobeウェブサイト（https://github.com/iqbal-lab/Mykrobe-predictor/releases/download/v0.1.1-beta/demo_input_file_for_M.tuberculosis_app.fastq.gz）から引き下げた一方、選択された

mykrobe predict tb_sample_id tb -1 /home/TB/demo_input_file_for_M.tuberculosis_app.fastq 

種は、結核（TB）でした。

と私は取得していますエラーメッセージ...

Traceback (most recent call last): 
    File "/usr/local/bin/mykrobe", line 9, in <module> 
    load_entry_point('mykrobe==0.4.2', 'console_scripts', 'mykrobe')() 
    File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/mykrobe/mykrobe_predictor.py", line 99, in main 
    args.func(parser, args) 
    File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/mykrobe/mykrobe_predictor.py", line 32, in run_subtool 
    run(parser, args) 
    File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/mykrobe/cmds/amr.py", line 127, in run 
    cp.run() 
    File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/mykatlas/typing/typer/genotyper.py", line 73, in run 
    self._run_cortex() 
    File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/mykatlas/typing/typer/genotyper.py", line 90, in _run_cortex 
    self.mc_cortex_runner.run() 
    File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/mykatlas/cortex/mccortex.py", line 161, in run 
    self._run_cortex() 
    File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/mykatlas/cortex/mccortex.py", line 173, in _run_cortex 
    self._build_panel_binary_if_required() 
    File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/mykatlas/cortex/mccortex.py", line 190, in _build_panel_binary_if_required 
    subprocess.check_output(cmd) 
    File "/usr/local/lib/python2.7/subprocess.py", line 566, in check_output 
    process = Popen(stdout=PIPE, *popenargs, **kwargs) 
    File "/usr/local/lib/python2.7/subprocess.py", line 710, in __init__ 
    errread, errwrite) 
    File "/usr/local/lib/python2.7/subprocess.py", line 1335, in _execute_child 
    raise child_exception 
OSError: [Errno 2] No such file or directory 

任意の提案をいただければ幸いです。

Answer 1

私はMykrobe予測子の著者の一人です。誰かが上記のコメントのように、この質問をするために、おそらく正しい場所は、私たちのMykrobe予測リポジトリのGithubの問題として次のとおりです。

https://github.com/iqbal-lab/Mykrobe-predictor/issues

がある問題を提起すること自由に感じなさい。

Answer 2

このエラーは、mccortex31が存在しないことを示します。

documentationに従ってインストールしましたか？

cd Mykrobe-predictor 
cd mccortex 
make  
export PATH=$PATH:$(pwd)/bin 
cd ..