Mykrobe予測子JSONからTSVへの変換

Question

ファイル変換に関する質問がありました。

Mykrobe-predictorスクリプト（json_to_tsv.py）に基づいてTSVファイルに変換するJSONファイル（AMR予測実行後）があり、これがJSON出力（result_TB.json）です。

./json_to_tsv.py /path/to/JSON_file 

私は、端末にコマンドを貼り付けるとき、私はライン78

https://github.com/iqbal-lab/Mykrobe-predictor/blob/master/scripts/json_to_tsv.py#L78

def get_sample_name(f): 
    return f.split('/')[-2] 

ではIndexErrorを持って、ここで私は取得エラーです：

mykrobe_version file plate_name sample drug phylo_group species lineage phylo_group_per_covg species_per_covg lineage_per_covg phylo_group_depth species_depth lineage_depth susceptibility variants (gene:alt_depth:wt_depth:conf) genes (prot_mut-ref_mut:percent_covg:depth) 
    Traceback (most recent call last): 
    File "./json_to_tsv.py", line 157, in <module> 
    sample_name = get_sample_name(f) 
    File "./json_to_tsv.py", line 78, in get_sample_name 
    return f.split('/')[-2] 
    IndexError: list index out of range 

何か提案がありがとうございます。 plateというディレクトリ内sample1という名前のディレクトリにあなたのJSONファイルをコピーしてみて、あなたが同じエラーを取得するかどうかを確認

python json_to_tsv.py plate/sample1/sample1.json 

：私は彼らのようなもので、コンバータを呼び出すことを期待すると思うのコードを見てみると

Answer 1

あなたが上記の例のようにそれを呼び出すとき。

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更新

上記のような問題は確かです。

は動作しません：

python json_to_tsv.py result_TB.json 

mykrobe_versionファイルplate_nameサンプル薬物phylo_group種系統phylo_group_per_covg species_per_covg lineage_per_covg phylo_group_depth species_depth lineage_depth感受性変異 （遺伝子：alt_depth：wt_depth：CONF）遺伝子 （prot_mut -ref_mut：percent_covg：depth）

Traceback (most recent call last): File "json_to_tsv.py", line 157, in <module> 
    sample_name = get_sample_name(f) File "json_to_tsv.py", line 78, in get_sample_name 
    return f.split('/')[-2] IndexError: list index out of range 

点の

作品：

python json_to_tsv.py plate/sample/result_TB.json 

mykrobe_versionファイルplate_nameサンプル薬物phylo_group種系統phylo_group_per_covg species_per_covg lineage_per_covg phylo_group_depth species_depth lineage_depth感受性変異（遺伝子：alt_depth：wt_depth：CONF）遺伝子（prot_mut-ref_mut：percent_covg：深さ）

-1 result_TBプレートサンプルNA