2つの配列間の編集距離を比較しようとしています。私はText：Levenshteinを使ってみました。 #!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Text::Levenshtein qw(distance);
my @words = qw(four foo bar);
my @list = qw(foo fear);
my @distances = dist
私はpythonスクリプトを書いており、可能であればFASTA形式のファイルではなく、文字列変数としてblastnに問い合わせのシーケンス情報を渡したいと思っています。 BiopythonのSeqIOを使用して、いくつかの転写物名をキーとして、そのシーケンスを関連値として保存しました。 だから、だから、辞書は今、私はブラストクエリおよび対象に、辞書内の配列情報に解析するこの {'var_F': S
SummaizedExperimentからDESeqDataSetを作成しようとしています。 Error in (function (classes, fdef, mtable) : unable to find an inherited method for function ‘assayNames’ for signature ‘"DESeqDataSet"’ 研究間は、私がテストするには、こ
は、私がここにhttp://rosalind.info/problems/cons/ 私のスクリプトはカウンターリストを埋め、同じ長さのコンセンサス列を出力するから問題を解決しようとしています。私は、数学や指標のエラーが起こっているとは思わないし、壁にぶつかった。私のコード： with open('C:/users/steph/downloads/rosalind_cons (3).txt') a
NCBI SRAデータベースにアクセスし、IDリストを照会して出力を行列に保存しようとしています。 これを行うにはBioconductorのsradbパッケージを使用していますが、今はデータベースにアクセスしてクエリを実行できますが、実際には遅く、ループ出力を保存する方法を理解できませんでした。 GPL11154_GSMs.txtは、私が興味のIDを含むファイルそしてそれは次のようになります。 G