bioinformatics

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    私は単純に、このようなパターンを含むHUGEファイル内の単一ヌクレオチド頻度(A、T、C、G)を計算しようとしています:TTTGTATAAGAAAAAATAGG。私のようなファイル全体の出力の1行与えるだろう :ここ The single nucleotide frequency matrix of T.volcanium Genome is: {'A': [234235], 'C': [2342

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    私は、新規ペプチドの構造を含むPDBファイルをたくさん持っており、計算上の予測によってLPSに結合するかどうかを見たいと思っています。私は分子動力学を行うことができますが、残念なことにそれは多くのコンピューティングパワーを必要とします。他の良いオプションは? 感謝:)

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    現在、私はPythonモジュールをFlaskにインポートする方法を理解しています。例えば、 'myfunctions'モジュールがインポートされ、そこから関数が呼び出されています。 from flask import Flask, render_template, request from myfunctions import printtext app = Flask(__name__)

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    Metadata = [] Sequence = [] N=0 with open(file_location) as f: #opens file content = f.read() #defines file under content for char in content: if char == ">": while char != "\n":

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    でmakeContrastsは、私はR.で線形回帰モデルを経由して、いくつかのコントラストをしたいと思っI持って、次のデータ、mat1:私は計画行列を作成するには、次のコードを使用し Gene1 Gene2 Gene3 1 5.89 7.45 2.66 2 8.99 5.39 1.58 3 3.67 6.88 4.82 4 8.25 8.76 3.58 : library(li

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    TL; DR:上記の(以下の)エラーが発生しています。私はそれを修正 私はRの比較的新しいだので、これは私は困惑している私は、両方の軸が対数変換私はこれまでのところ得ているxyplotを作成しようとしています:?。。 library(lattice) xyplot(`APC-H7-A`~`PE-Cy5-A`,lymphocytes, smooth=FALSE, xlim=c(-100

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    私は、生物医学技術学生のためのイントロ・プログラミング・クラスのための簡略化されたデモ・アプリケーションのためのECG波形のサンプルを探しています。彼らは超シンプルなECGチャートレコーダーを構築するために画面に波形を表示します。 はい、私はMIT-BIH Normal Sinusリズムデータベースを認識していますが、それは私の目的にとってはあまりにも複雑です。私は学生にプログラミング面に焦点を当

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    実験的(白血病)およびコントロール(健康ドナー)のグループを視覚化するためにedgeRにMDSプロットを作成するのに問題があります。 私はedgeRの入力としてhtseqファイルを使用しました。各ファイルは、gene_IDとread countの2つのカラムで構成されています。 「A」は白血病患者を表し、「H」は健康なドナーを表す。 samples <- matrix(c("A18.txt","e

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    私は、シングルセルRNA-Seq解析用の "Seurat"というRパッケージを使用しています。私は個々の細胞サンプルに関するメタデータ情報をSeuratオブジェクトに追加しようとしています。しかし、下流の作図コマンドは機能しません。メタデータが正しいスロットとカラムに追加されたことを確認するために、変更されたSeuratオブジェクトをどのようにチェックするかを知っている人がいるかどうかは疑問です。

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    私はいくつかのファイルを解析する必要がありますfastaqがあります。主な問題は、私が現在作業している分析ツールがヌクレオチドとしてのみACTGを受け入れ、IUPACコード(R、Wなど)の残りの名前ではないことです。 私は、特定のヌクレオチドを変更するには、このコードを作りました: awk '{ split($2,a,"") ; str="" ; for (n in