plinkでmachフォーマットされ、帰属されたgenotyes（ENIGMA）を処理する方法

Question

ENIGMAプロトコルを使用して帰属された投与量形式のSNPの遺伝子型を受け取りました。私はplink --dosage [...] --fam [...]使用してこのデータを分析したい（私は右の構文であると信じています。）

各染色体について

は、私はこれらのファイルの

% tar -tf chromosome.21.tar 
chunk1-ready4mach.21.imputed.dose.gz 
chunk1-ready4mach.21.imputed.erate.gz 
chunk1-ready4mach.21.imputed.hapDose.gz 
chunk1-ready4mach.21.imputed.haps.gz 
chunk1-ready4mach.21.imputed.info.draft 
chunk1-ready4mach.21.imputed.info.gz 
chunk1-ready4mach.21.imputed.prob.gz 
chunk1-ready4mach.21.imputed.rec.gz 

なし思えない以下のファイルで構成されたtarファイルを受け取っていますplink's websiteに記載されている投与量ファイルの仕様に従うこと。 （特に、私が推測したように.dose.gzではない）

誰もこの経験がありますか？どのような方法でこれらのファイルを変更する必要がありますか？

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% plink --dosage $dose --fam $fam 
PLINK v1.90b3.38 64-bit (7 Jun 2016)  https://www.cog-genomics.org/plink2 
(C) 2005-2016 Shaun Purcell, Christopher Chang GNU General Public License v3 
Logging to plink.log. 
Options in effect: 
    --dosage /home/moebius/tmp/chromosome.21/chunk1-ready4mach.21.imputed.dose.gz 
    --fam hammer.fam 

32054 MB RAM detected; reserving 16027 MB for main workspace. 
842 people (324 males, 518 females) loaded from .fam. 
842 phenotype values loaded from .fam. 
Using 1 thread. 
842 people pass filters and QC. 
Phenotype data is quantitative. 
--dosage: Reading from 
/home/moebius/tmp/chromosome.21/chunk1-ready4mach.21.imputed.dose.gz. 
Error: Column 1 of 
/home/moebius/tmp/chromosome.21/chunk1-ready4mach.21.imputed.dose.gz's header 
isn't 'SNP'. 

Answer 1

我々はPLINK投与形式にMACHフォーマットであるENIGMAデータセットを、変換するためのプログラムdose2plinkを使用することができます。

例：chunk1.21.pfamとchunk1.21.pdat.gzを生成する

./dose2plink.pl -dose chunk1.21.imputed.dose.gz -info chunk1.21.imputed.info.gz -out chunk1.21 

。