lipopolysaccharide（LPS）への結合を予測しよう

Question

私は、新規ペプチドの構造を含むPDBファイルをたくさん持っており、計算上の予測によってLPSに結合するかどうかを見たいと思っています。私は分子動力学を行うことができますが、残念なことにそれは多くのコンピューティングパワーを必要とします。他の良いオプションは？

感謝:)

Answer 1

は一つの簡単なアイデアは、あなたがLPSに自信を持ってバインドされた後、構造的に似ているペプチドはまた、LPS結合のショットを持っていると主張しているペプチドのPDBを取ることです。これは半定性的な議論です。 IはPEP倍に用いるその配列の予測された構造を得るために、そして

：KNYSSSISSIHAC （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20816904源：）例として

は、私は、Wクイック検索/ LPSに結合するこのペプチド配列を発見しましたオンラインツール （ソース：http://mobyle.rpbs.univ-paris-diderot.fr/cgi-bin/portal.py#forms::PEP-FOLD3）

私はあなたがPDBをダウンロードした後、あなたはRMSDを見つけたいあなたは、私が （http://mobyle.rpbs.univ-paris-diderot.fr/data/jobs/PEP-FOLD3/C24081178740978）

を投入されたジョブからダウンロードすることができると思いますあなたのペプチド構造のそれぞれをこのPDBに変換し、低RMSDはLPS結合を表すことができますが、明確ではなく、 "十分に近い"線を描く場所が明確ではありません。

これはすべて非常にうまくいっています。あなたが言うように、分子動力学がより良い選択肢です。また、LPSをバインドするペプチドを用いた配列アラインメントだけで3Dを心配することも考えられます。

質問がコーディングベースでないため、Biostarsやその他のフォーラムでより良い回答を得ることがあります