Seuratオブジェクトにメタデータを追加

Question

私は、シングルセルRNA-Seq解析用の "Seurat"というRパッケージを使用しています。私は個々の細胞サンプルに関するメタデータ情報をSeuratオブジェクトに追加しようとしています。しかし、下流の作図コマンドは機能しません。メタデータが正しいスロットとカラムに追加されたことを確認するために、変更されたSeuratオブジェクトをどのようにチェックするかを知っている人がいるかどうかは疑問です。

メタデータを追加するには、以下のコマンドを使用しました。リストははるかに長いですが、最初と略記：

まず私は探偵オブジェクト

> Cells <- WhichCells(sleuth_object) 

その後

私は数字1-3このノートを使用して、形態学的に決定した細胞タイプのリストを作成したから、セル名を抽出しましたここでは3

> MorphCellTypes = c(1,2,3) 

それから私はdata.frame

> MorphCellTypesDF = data.frame(Cells, MorphCellTypes) 

として一緒細胞とMorphCellTypesを合併

は、それから私は、私はこれが返さ

> TSNEPlot(pbmc, do.label = TRUE, pt.size = 3, group.by = MorphCellTypes 

次のコマンドを使用してTSNEPlotでそれを視覚化しようとした後、正常

> AddMetaData(Sleuth_object, MorphCellTypesDF, col.name = MorphCellTypes 

を実行した次のコマンドを使用して、探偵オブジェクトにこのMorphCellTypesDFメタデータを追加しようとしました以下のエラー：

“Error in DimPlot(object, reduction.use = "tsne", cells.use = cells.use, : 
    object 'MorphCellTypes' not found” 

は、だから、私はどちらか私のSLEに間違った場所にメタデータを追加していと思いますuthオブジェクトまたは私は何とかcol.nameを台無しにしています。いずれにしても、私はAddMetaDataまたはTSNEPlot（）関数を間違って使用しているようです。万が一、エラーが見つかった場合や、AddMetaDataを使用する方法の例を教えていただけたら非常に感謝しています。

Answer 1

多くの試行錯誤の末、実験的なメタデータの列を追加する方法を見つけました。そのトリックは、あなたのデータを追加しながらSeuratオブジェクトから正しいフォーマットを維持することでした。私はこれをpbmc@data.infoテーブルをコピーして、それにカラムを追加して変更しました。次に、変更された表をSeuratにインポートし直します。次のコードは、Gene_IDという乱数の列をpbmc@data.infoスロットのSeuratオブジェクトに追加します。次に、このデータの追加を視覚化でテストします。

CellsMeta = pbmc@data.info 
head(CellsMeta) 

randomnumbers <- runif(2700, 0.0, 1.1) 

CellsMeta["Gene_IDs"] <- randomnumbers 
head(CellsMeta) 

CellsMetaTrim <- subset(CellsMeta, select = c("Gene_IDs")) 
head(CellsMetaTrim) 

pbmc <- AddMetaData(pbmc, CellsMetaTrim) 

head(pbmc@data.info) 

VlnPlot(pbmc, c("nGene", "nUMI", "Gene_IDs"), nCol = 3)