R：コンセンサス出力をデータフレームに変換する

Question

現在、Bioconductorの「msa」パッケージを使用して複数の配列アラインメントを行っています。私はこれを使ってコンセンサス配列（msaConsensusSequence）と保存スコア（msaConservationScore）を計算しています。これは私に値である出力を与えます...

ConsensusSequence：（小文字= 20％+保全、大文字= 80％+保全、= < 20％保護）

i.llE etc (str = chr) 

ConservationScore：

221 -296 579 71 423 etc (str = named num) 

私は最初の行にそれぞれコンセンサス配列の異なる文字である列が含まれ、2番目の行が対応する保存スコアであるテーブルに変換したいと思います。

i  .  l  l E 
221 -296 579 71 423 

この問題について最善の方法をアドバイスしてください。あなたは、このようなデータフレームを取得することができますコメントで言ったことについては

おかげ ナタリー

Answer 1

：

data(BLOSUM62) 
alignment <- msa(mySequences) 
conservation <- msaConservationScore(alignment, BLOSUM62) 

# Now create the data fram 
df <- data.frame(consensus = names(conservation), conservation = conservation) 
head(df) 

    consensus conservation 
1   T   141 
2   E   160 
3   E   165 
4   E   325 
5   ?   179 
6   ?   71 
7   T   216 
8   W   891 
9   ?   38 
10  T   405 
11  L   204 

あなたはそれを転置する場合は次のことができます。

df <- t(df) 
colnames(df) <- 1:ncol(df)