バンファイルのm番目の染色体からn番目の読み込みを取得します

Question

私は現在htslibを使用していますが（bamtoolsも使用できますが）thisなどの連続読み込みを取得できますが、このコードを編集する方法が不思議ですm番目の染色体からn番目の染色体を読み取るのではなく、それを連続的に読み取ることです。これは可能ですか？

Answer 1

m染色体に直接ジャンプすることはできますが、次にnの読み取りを線形検索する必要があります。

代わりのsam_read1()とbamFileNameという名前のファイルに対応するhtsFile *（bamFile）を与えられ、1はなります

hts_idx_t *idx = sam_index_load(bamFile, bamFileName); 
hts_itr_t *itr = sam_itr_queryi(idx, m, 0, hdr->targetLen[m]); 

その後bam1_t*である、bに連続したアラインメントを得るためにsam_itr_next(bamFile, itr, b)を使用しています。