値を置き換えてif/forループを使用して行を追加する

Question

が0でない場合は、Sireを新しいIdに置き換えます。その後、新しい行を追加するたびに、新しいIdとSexが追加されます。

たとえば、最初の行の0をs1073と置き換え、データに新しい行を1 s1073 0 0 2として追加する必要があります。同様にDamが0であり、SirがNOT 0である場合、たとえば7行目のデータセットに新しい行を追加する場合、d900でDam 0を返し、データフレームに新しい行を1 d900 0 0 2として追加する必要があります。

誰も私がこれを整理するのを助けてくれますか？

FID ID Sire Dam Sex 
1 1832 0 1073 1 
1 1833 1201 1251 2 
1 1834 15 560 1 
1 1835 1598 1583 1 
1 1836 0 13 1 
1 1837 1107 562 1 
1 1838 900 0 1 
1 1839 900 571 2 
1 1840 900 0 1 
1 1841 0 415 1 
1 1842 0 0 2 
1 1843 1201 303 2 
1 1844 0 0 1 
1 1845 1107 557 2 
1 1846 15 749 2 

Answer 1

は、私は、これはplink FAM形式です推測していて、いくつかの個人が父または母が欠落している、との両方の後、行うmissing場合、私たちは、親の少なくとも一つを持っている人行方不明の親を追加したいです両親を追加しないでください。

# dummy fam data with missing parents 
df1 <- read.table(text = "FID IID Father Mother Sex 
1 1 0 2 1 
        1 2 0 0 2 
        1 3 0 2 1 
        1 4 0 2 2 
        2 1 3 0 1 
        2 2 3 0 2 
        2 3 0 0 1 
        3 1 0 0 1 
        4 1 0 0 1 
        4 2 0 0 2 
        4 3 1 2 2 
        4 4 1 2 2 
        ", header = TRUE, 
        colClasses = "character") 

ダミーデータについての注意、：
- FID == 1は、父親が欠落してい
- FID == 2は、母親が欠落してい
- FID == 3を持つ単一の、個々の家族です何の両親
- FID == 4ミッシング両親

タスクは、そのうちの一つが欠落している場合にのみ、行方不明の父または母を追加していないではありません。すなわち、父親== 0と母親== 0が不足している場合は、両親を追加しないでください。

library(dplyr) # using dplyr for explicity of steps. 

# update 0 to IID for missing Father and Mother with suffix f and m 
df1 <- 
    df1 %>% 
    mutate(
    FatherNew = if_else(Father == "0" & Mother != "0", paste0(Mother, "f", IID), Father), 
    MotherNew = if_else(Mother == "0" & Father != "0", paste0(Father, "m", IID), Mother)) 

# add missing Fathers 
missingFather <- df1 %>% 
    filter(
    FatherNew != "0" & 
     MotherNew != "0" & 
     !FatherNew %in% df1$IID) %>% 
    transmute(
    FID = FID, 
    IID = FatherNew, 
    Father = "0", 
    Mother = "0", 
    Sex = "1") %>% 
    unique 


# add missing Mothers 
missingMother <- df1 %>% 
    filter(
    FatherNew != "0" & 
     MotherNew != "0" & 
     !MotherNew %in% df1$IID) %>% 
    transmute(
    FID = FID, 
    IID = MotherNew, 
    Father = "0", 
    Mother = "0", 
    Sex = "2") %>% 
    unique 

# update new Father/Mother IDs 
res <- df1 %>% 
    transmute(
    FID = FID, 
    IID = IID, 
    Father = FatherNew, 
    Mother = MotherNew, 
    Sex = Sex) 

# add missing Fathers/Mothers as new rows, and sort 
res <- rbind(
    res, 
    missingFather, 
    missingMother) %>% 
    arrange(FID, IID) 

結果、私は私がオフスプリング行方不明把握するために、この答えは非常に便利だったと思う出力

res 
# FID IID Father Mother Sex 
# 1 1 1 2f1  2 1 
# 2 1 2  0  0 2 
# 3 1 2f1  0  0 1 
# 4 1 2f3  0  0 1 
# 5 1 2f4  0  0 1 
# 6 1 3 2f3  2 1 
# 7 1 4 2f4  2 2 
# 8 2 1  3 3m1 1 
# 9 2 2  3 3m2 2 
# 10 2 3  0  0 1 
# 11 2 3m1  0  0 2 
# 12 2 3m2  0  0 2 
# 13 3 1  0  0 1 
# 14 4 1  0  0 1 
# 15 4 2  0  0 2 
# 16 4 3  1  2 2 
# 17 4 4  1  2 2 

Answer 2

をご確認ください。ありがとう！