5％以上欠けているデータを持つ行

Question

を見つけて削除し、私はこれまでのところ、私は完全に使用してNASを充填した行と列を削除したこの

 id1 id2 id3 id4 id5 id6 id7 id8 id9 
snp1 1 2 0 NA 1 1 1 2 1 
snp2 2 2 2 2 0 2 NA NA 0 
snp3 NA NA 1 NA 0 NA NA 2 2 

のように見えます（結果と呼ばれる）行列を持っています

indexsnp=apply(results,1, 
function(x) length(which(is.na(x)==T))) 
indexsnp=which(indexsnp==length(results[1,])) 
indexsample=apply(results,2, 
function(x) length(which(is.na(x)==T))) 
indexsample=which(indexsample==length(results[,1])) 

#get rid of indexes 
results=results[-indexsnp,] 
results=results[,-indexsample] 

私はまだ（行が5％以上のNAで構成されている）ので、今、私は95％以下で通話料金を持っているSNPかを確認したいと思い、私のデータセットでは、NASの多くを持っているし、それらを削除します行。私はこれを行う方法がわかりません。私は

snpsum.col <- col.summary(results) 
library(snpStats) 
call <- 0.95 
use <- with(snpsum.col, (!is.na(Call.rate) & Call.rate >= call)) 
use[is.na(use)] <- FALSE    
cat(ncol(results)-sum(use),"SNPs will be removed due to low call 
rate.\n") 
genotype <- genotype[,use] 
snpsum.col <- snpsum.col[use,] 

を試してみましたが、私はエラー

Error in col.summary(results) : not a SnpMatrix object 

が、私はこれを行うことができます別の方法があり得ますか？

Answer 1

mは、このような行列である場合には、やる

m <- m[is.na(m)%*%rep(1,ncol(m))<=ncol(m)*0.05,]