Rパッケージを使用して結合物PyMOLを描くBio3d

Question

Rパッケージを使用するbio3dタンパク質の2つの原子の間に結合を描き、pymol()を使って構造をPyMOLに解析したいと思います。私は原子sele.1とsele.2との間の結合/タンジェント/ライン描画したいと思います。この例では

library(bio3d) 

# Import PDB file 
pdb <- read.pdb(system.file("examples/1hel.pdb", package="bio3d")) 

# Atom 1 
sele.1 <- atom.select(pdb, "calpha", resno=43, verbose=TRUE) 

# Atom 2 
sele.2 <- atom.select(pdb, "calpha", resno=54, verbose=TRUE) 

- 些細な問題を、これは可能ですか？

Answer 1

RからPYMOLスクリプトを解析することが可能である：PYMOL端子にpymol.bond.sele.command()の

# Return a string of commands to draw 
pymol.bond.sele.command = function(atom1, atom2, nbond, chainID){ 

    # return PyMOL command to draw a bond between atoms 1 and 2 
    return(paste(paste('distance ', paste('mydist', nbond, ', ', sep=''), 
     'chain ', pymolchain, ' and ', atom1, '/CA, ', 'chain ', pymolchain, ' and ', atom2, '/CA', sep=''))) 
} 

> pymol.bond.sele.command(43, 54, 1, A) 

[1] distance mydist1, chain A and 43/CA, chain A and 54/CA 

コピー出力。 PYMOL端子にpymol.bond.lab.rm.command()の

pymol.bond.lab.rm.command = function(nbond, chainID){ 

    # return PyMOL command to remove the distance label drawn for distance element x 
    return(paste('hide labels, mydist', nbond, sep='')) 
} 

> pymol.bond.lab.rm.command(1, A) 
[1] hide labels, mydist1 

コピー出力：距離ラベルを削除するには

。