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プロットを更新しても、イベントトリガが他のFigureから来た場合、古いプロットは消去されませんか?
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Matplotlibは、軸に沿ってすべてのテキストを消去しますが、フレームは残しておきます。
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plt.scatter(X [:50,0]、X [:50,1]、color = 'red'、マーカー= 'o'、ラベル= 'setosa')