2017-01-16 6 views
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植物の種類がいくつかあり、種類ごとにいくつかのDNA配列データ( ".fastq"ファイル)があり、これらの植物の微分解析を行う予定です。 R.しかし、私はこの分野の新しい人です。それをどうやって行うかについての提案はありますか?fastqファイルのedgeRによる微分解析

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[よくある質問](http://stackoverflow.com/help/how-to-ask)と[再現可能な例]を与える方法についての情報を読んでください(http://stackoverflow.com/questions/5963269)。これは他の人があなたを助けることをはるかに容易にします。 – zx8754

答えて

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あなたはedgeRとのドキュメントをお読みください:

  1. あなたがedgeRとにカウントを与えるカウント行列
  2. を生成するための参照アノテーションでHTSeq-カウント使用
  3. STARまたはTopHat2ようなもので読み取っ合わせます、差動テストを行いますどの

EDIT:

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/edgeR/inst/doc/edgeRUsersGuide.pdf

例については、4.2節を参照してください。

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@ user440446あなたが役に立つと思うなら、答えを受け入れることを検討してください。クリックすることができるティックが表示されます。 – SmallChess