Rパッケージリムマコントラストマトリックス微分式

私はlimmaを使って微分遺伝子の式を解析しています。モデリングには、デザインとコントラストマトリックスが必要です。私はちょうど誰かがそれを経験しているかどうかを知りたい。Rパッケージリムマコントラストマトリックス微分式

発現が野生型（WT）および突然変異体（M）であり、これらが刺激（S）または非刺激（U）のいずれかであると仮定する。野生型のために私は40式の値を持っており、変異20

のためにだから私は式Iのコントラストマトリックスのために使用する必要があり、野生型に比べて変異体では異なる応答する遺伝子を知りたいとき：

Diff=(M.S-M.U)-(WT.S-M.U) or Diff=(M.S/20-M.U/20)-(WT.S/40-WT.U/40)

2011-04-08 stefan

あなたの質問はhttp://biostar.stackexchange.com/でより適切かもしれません。プログラミングに関する質問ではないからです。 –

リムマには慣れていませんが、最初のバージョンは書かれたくないと思っています。両側に 'M.U'を引いています。私は誤植と推測しています。一般的には、2番目のバージョンのように正規化するのが理にかなっています。それ以外の場合は、WTデータがMを揺さぶることがあります。 – walkytalky

ありがとう、それはタイプミスです..私は補充されたプラットフォームthx – stefan

野生型と比較して変異体において異なる応答遺伝子を決定するため

コントラストがあってもよい：

Mの両方刺激し、刺激されていない変異体細胞を指す

makeContrasts('WT - M')

。 WTのいずれかの変異体の細胞間の変化を強調するだろう

makeContrasts('WT - M.S', 'WT- M.U')

：しかし、私は疑う、あなたのような何かをしたいことがあります。

2012-04-12 11:33:01 csgillespie

答えて