Fastqファイル形式を分析するために設計されたNanoporeツール？

Question

私は最初のナノポアデータセットを受け取ったばかりで、fastqファイルが送られました。私はfast5ファイルを期待していましたが、今はデータのフィルタリングを開始する方法がわかりません。私が見つけたほとんどのツール（NanoOK、poretools）はfast5形式を扱いますが、fast5形式からfastq形式に変換する方法を提供していますが、ツールはfast5入力のみを使用します。

私はエラーを壊しスタックを取得fastq_quality_filterを使用しよう...

Answer 1

通常のナノポアデータ解析の最初のステップは、fast5からFASTQに変換することであるので、彼らは実際にあなたが仕事保存しました。さらなる分析は、poretools,PorechopまたはpoReのようなソフトウェアでfastqを使用して行うことができます。 fastq_quality_filterでのあなたのエラーにはおそらく他の理由があります。