結果やタイムアウトがループするのを待つループ

Question

NCBI blast APIとのインタフェースを可能にするために、非常に速いblastスクリプトをrで書いた。しかし、時には、結果のURLが読み込まれるまでに時間がかかり、URLが準備できるまでスクリプトがエラーをスローします。結果が返されるか、指定された時間が経過してからタイムアウトするまで、エラーを処理するためのエレガントな方法（つまりtryCatchオプション）はありますか？

library(rvest) 
    ## Definitive set of blast API instructions can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/staff/tao/URLAPI/new/BLAST_URLAPI.html 
    ## Generate query URL 
    query_url <- 
    function(QUERY, 
      PROGRAM = "blastp", 
      DATABASE = "nr", 
      ...) { 
     put_url_stem <- 
     'https://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi?CMD=Put' 
     arguments = list(...) 
     paste0(
     put_url_stem, 
     "&QUERY=", 
     QUERY, 
     "&PROGRAM=", 
     PROGRAM, 
     "&DATABASE=", 
     DATABASE, 
     arguments 
    ) 
    } 

    blast_url <- query_url(QUERY = "NP_001117.2")  ## test query 
    blast_session <- html_session(blast_url)    ## create session 
    blast_form <- html_form(blast_session)[[1]]   ## pull form from session 
    RID <- blast_form$fields$RID$value  ## extract RID identifier 

    get_url <- function(RID, ...) { 
    get_url_stem <- 
     "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi?CMD=Get" 
    arguments = list(...) 
    paste0(get_url_stem, "&RID=", RID, "&FORMAT_TYPE=XML", arguments) 
    } 
    hits_xml <- read_xml(get_url(RID)) ## this is the sticky part 

時にはそれがそう私は希望が行うことですライブ行きget_urlのための数分かかり、それは前後からURLまたは回を生成するまで、のは、すべて20〜30秒を言わせて努力を続けることです指定時刻。

Answer 1

私はあなたが「タイムアウトするまで努力を続ける」部分についてthis answer about the use of tryCatch useful

を見つけるかもしれないと思います。私はあなたが上に取り組むことができると想像しますthis other answer about a tryCatch loop on error

希望に役立ちます。