階層クラスタリングを使用してデータセット内のクラスタを示すヒートマップを生成するR

Question

私は、タンパク質dna相互作用からなるデータセットを取り込み、データをクラスタリングし、その結果のデータを表示するヒートマップを生成しようとしています。対角線上に並んでいるクラスタでデータがクラスタ化されて見えます。私はデータをクラスタ化し、そのデータの樹形図を生成することができますが、Rのヒートマップ関数を使用してデータのヒートマップを生成すると、クラスタは表示されません。最初の2つのイメージを見ると、生成できる樹形図の1つで、2つ目は生成できるヒートマップ、3つ目はクラスタリングされたヒートマップの例です。大雑把に見る。 2番目と3番目の画像を比較するとわかるように、3番目の画像にはクラスタがあり、2番目の画像にはクラスタは存在しません。ここで

は私のデータセットへのリンクです： http://pastebin.com/wQ9tYmjy

私はデータをクラスタ化し、Rでちょうど罰金を生成することができる午前：

args <- commandArgs(TRUE);

matrix_a <- read.table(args[1], sep='\t', header=T, row.names=1);

location <- args[2];

matrix_d <- dist(matrix_a);

hc <- hclust(matrix_d,"average");

mypng <- function(filename = "mydefault.png") {

png(filename)

}

options(device = "mypng")

plot(hc);

私も同様に大丈夫ヒートマップを生成することができる午前：

matrix_a <- read.table("Arda_list.txt.binary.matrix.txt", sep='\t', header=T, row.names=1);

mtscaled <- as.matrix(scale(matrix_a))

heatmap(mtscaled, Colv=F, scale='none')

私はポストに従うことを試みた： http://digitheadslabnotebook.blogspot.com/2011/06/drawing-heatmaps-in-r.html by Christopher Bareしかし、私は何かが欠けている。任意のアイデアをいただければ幸いです。ヒートマップのイメージと樹形図が添付されています。画像3はChristopher Bareの投稿から撮影されたものです。おかげで

Answer 1

それは私が最初に私のデータに相関性のいくつかの種類を使用して距離行列を生成しているはず判明します。私はpearsonを使ってマトリックス上の類似性の値を計算し、ヒープマップ関数と呼んでいました。クラスタを生成できたら、私は対角線上に並べるようにしました。上の結果は今のようです。私はデータセット上でヒートマップと呼ばれる方法を変更して、クラスターが軸上に並ぶようにしなければならなかった：

heatmap(mtscaled, Colv=T,Rowv=T, scale='none',symm = T)