リレーションシップデータを階層リストにするR

Question

これは私の最初の質問です。さあ、優しくしてください。

net <- graph_from_data_frame(d = Relationships, 
          directed = T) 
plot(net) 

：基本的に、これはネットワークマップを作るために使用することができ、エッジのリストがある

library('networkD3') 
    Relationships<- data.frame(Parent=c("earth","earth","forest","forest","ocean","ocean","ocean","ocean"), 
        Child=c("ocean","forest","tree","sasquatch","fish","seaweed","mantis shrimp","sea monster")) 
> Relationships 
    Parent   Child 
1 earth   ocean 
2 earth  forest 
3 forest   tree 
4 forest  sasquatch 
5 ocean   fish 
6 ocean  seaweed 
7 ocean mantis shrimp 
8 ocean sea monster 

：

私はの形をしているいくつかのデータを持っています

私はそれを以下のdiagonalNetwork関数で使用できるフォームに変換したいと考えています。このよう

Hierarchical_list <- list(name = "earth", 
       children = list(list(name = "ocean", 
             children = list(list(name = "mantis shrimp"), 
                 list(name = "fish"), 
                 list(name = "sea monster"), 
                 list(name = "seaweed") 
                )), 
           list(name = "forest", 
             children = list(list(name = "sasquatch"), 
                 list(name = "tree") 
                )) 
       )) 
diagonalNetwork(Hierarchical_list) 

：

私はこのループを使用してリストを生成しよう：

List_attempt <- list() 

levels<- levels(factor(Relationships$Parent)) 

for(n in 1:length(levels)){ 
    Children <- subset(Relationships, Relationships$Parent == levels[n], select = Child) 
    for(c in 1:length(Children)){ 
    sublist <- as.list(Children) 
    List_attempt <- list(List_attempt, name = levels[n],children = sublist) 
    } 
} 

diagonalNetwork(List_attempt) 

は、私はこのエラーを取得する：

Error in FUN(X[[i]], ...) : 
    'options' must be a fully named list, or have no names (NULL) 

1 ）th diagonalNetworkのリストを作成するには？

2）失敗しました。正しい構造のリストを追い出すために私のループを修正するにはどうすればいいですか？

3）私が使用するはずの他の機能/パッケージは他にありますか？

助けてくれてありがとう、私はしばらくの間この壁に頭を打っています。 SOの質問をするより良い方法のフィードバックも歓迎されます。

明確化：同様の質問がここに発見された

、Convert a data frame to a treeNetwork compatible list。ただし、ルートは常に最初の列にあり、その子は後続の列にあり、igraphでよく使用されるこの質問のようなエッジのリストではないデータ構造に依存します。

Answer 1

@MrFlickのコメントに触発

@Symbolix

誤りを指摘してくれてありがとう、再帰的にリストの要素を作成するために、ルートから開始し、子供を得るために提案:) ...きっと予期しないデータに対するロバスト性のための更なる向上を図ることができます私は間違っていないよ場合の入力

library(igraph) 
library('networkD3') 
Relationships<- data.frame(Parent=c("earth","earth","forest","forest","ocean","ocean","ocean","ocean"), 
    Child=c("ocean","forest","tree","sasquatch","fish","seaweed","mantis shrimp","sea monster")) 
net <- graph_from_data_frame(d=Relationships, directed=T) 
plot(net) 

#net and Relationships as declared in question 
#get root 
root <- setdiff(Relationships$Parent, Relationships$Child) 

#traverse next layer and then recurve 
as.list.igraph <- function(thisNode) { 
    nm <- vertex_attr(net, "name", thisNode) 
    childNodes <- V(net)[which(shortest.paths(net, thisNode, mode="out") == 1)] 
    if (length(childNodes)==0) return(list(name=nm)) 
    list(name=nm, children=unname(lapply(childNodes, as.list.igraph))) 
} 

#plot D3 network 
diagonalNetwork(as.list.igraph(V(net)[root])) 

ところで、あなたは階層データから、とに多くの変換を行いdata.treeパッケージを、使用することができIGRAPH

Answer 2

でlayout.reingold.tilfordオプションもあります箱から出して：

@ChristophのGluRの答えにコメント

library('networkD3') 
Relationships<- data.frame(Parent=c("earth","earth","forest","forest","ocean","ocean","ocean","ocean"), 
          Child=c("ocean","forest","tree","sasquatch","fish","seaweed","mantis shrimp","sea monster")) 

library('data.tree') 
tree <- FromDataFrameNetwork(Relationships) 
tree 
lol <- ToListExplicit(tree, unname = TRUE) 
diagonalNetwork(lol) 

Answer 3

- あなたのdata.frameが実際にdata.frameであることを確認してください。私はちょうど2時間を費やしてチベットから無駄に木を作ろうとしたが、as.data.frame(my.tibble)がそれを作った。