R：cor.test関数から信頼区間を抽出する方法

Question

ピアソン相関の結果から95 percent confidence intervalを抽出しようとしています。

私の出力は次のようになります。

Pearson's product-moment correlation 

data: newX[, i] and newY 
t = 2.1253, df = 6810, p-value = 0.0336 
alternative hypothesis: true correlation is not equal to 0 
95 percent confidence interval: 
0.001998576 0.049462864 
sample estimates: 
     cor 
0.02574523 

私は任意の助けをいただければ幸い次のコード

t <- apply(FNR[, -1], 2, cor.test, FNR$HDL, method="pearson") 

でそれを取得します。ありがとう。

Answer 1

のはcor.testページを見て、それはあなたのコードに似ているように、最後の例を変更してみましょう：？

t <- apply(USJudgeRatings[, -1], 2, cor.test, USJudgeRatings$CONT, method="pearson") 

これは、戻り値の最初の部分リストである：

> str(t[1]) 
List of 1 
$ INTG:List of 9 
    ..$ statistic : Named num -0.861 
    .. ..- attr(*, "names")= chr "t" 
    ..$ parameter : Named int 41 
    .. ..- attr(*, "names")= chr "df" 
    ..$ p.value : num 0.395 
    ..$ estimate : Named num -0.133 
    .. ..- attr(*, "names")= chr "cor" 
    ..$ null.value : Named num 0 
    .. ..- attr(*, "names")= chr "correlation" 
    ..$ alternative: chr "two.sided" 
    ..$ method  : chr "Pearson's product-moment correlation" 
    ..$ data.name : chr "newX[, i] and USJudgeRatings$CONT" 
    ..$ conf.int : atomic [1:2] -0.417 0.174 
    .. ..- attr(*, "conf.level")= num 0.95 
    ..- attr(*, "class")= chr "htest" 

へそのリストからすべてのconf.intノードを11個のアイテムで取得し、に"[["関数を使用し、文字値の名前「conf.int」を与えます。

> sapply(t, "[[", "conf.int") 
      INTG  DMNR  DILG  CFMG  DECI  PREP 
[1,] -0.4168591 -0.4339992 -0.2890276 -0.1704402 -0.2195110 -0.2898732 
[2,] 0.1741182 0.1537524 0.3115762 0.4199860 0.3770813 0.3107427 
      FAMI  ORAL  WRIT  PHYS  RTEN 
[1,] -0.3234896 -0.3112193 -0.3396845 -0.2501717 -0.3306462 
[2,] 0.2768389 0.2893898 0.2599541 0.3489073 0.2694228 

sapply関数は、ここでの場合と同じ長さの値を返す引数のセットを指定すると、列指向の行列結果を返します（少なくともデフォルトの単純化= TRUEを返します）。

Answer 2

cor.testは、信頼区間を含むさまざまな要素のリストを返します。

ct = cor.test(mtcars$mpg, mtcars$wt, method="pearson") 

str(ct) 

List of 9 
$ statistic : Named num -9.56 
    ..- attr(*, "names")= chr "t" 
$ parameter : Named int 30 
    ..- attr(*, "names")= chr "df" 
$ p.value : num 1.29e-10 
$ estimate : Named num -0.868 
    ..- attr(*, "names")= chr "cor" 
$ null.value : Named num 0 
    ..- attr(*, "names")= chr "correlation" 
$ alternative: chr "two.sided" 
$ method  : chr "Pearson's product-moment correlation" 
$ data.name : chr "mtcars$mpg and mtcars$wt" 
$ conf.int : atomic [1:2] -0.934 -0.744 
    ..- attr(*, "conf.level")= num 0.95 
- attr(*, "class")= chr "htest" 

今信頼区間を抽出します：あなたは（イラスト用ビルトインmtcarsデータフレームを使用して）次のようにcor.testによって返されるオブジェクトの構造を見ることができます

ct$conf.int[1:2] 

[1] -0.9338264 -0.7440872