系統樹用ループ

Question

私はRAxMLという系統発生ソフトウェアを使っていますが、私は各phylipファイルごとに1つのツリーを構築しています。 3個のPHYLIPのファイルとディレクトリのために、私は次のよう

##files in directory 
Ortho1.phy Ortho6.Phy Ortho6.Phy 

for f in /home/Single_trees/trimmed_alignment/*.phy; do raxmlHPC -f a -x 100 -m PROTGAMMAAUTO -p 100 -s $f -N 100 -n $f.tree; done; 

をした。しかし、これは常に$記号が許可されていないと言って私にエラーを与えます。

raxmlHPC: axml.c:5236: analyzeRunId: Assertion `0' failed. 

エラー文字/実行IDで許可されていない

はそれを行うには良い方法はありますか？私はここでこのリンクを使用して非シーケンシャルな名前のファイルのジョブ配列を使用しようとしましたhttps://rc.fas.harvard.edu/resources/documentation/submitting-large-numbers-of-jobs-to-odyssey/しかしそれを実装することができませんでした。

これは私が配列ジョブのサブミットのためにしようとしたものです：

#!/bin/bash -l 
# 
# raxml.sbatch 
# 
#SBATCH -J consensus  # A single job name for the array 
#SBATCH -p high # best partition for single core small jobs 
#SBATCH -n 12    # one core 
#SBATCH -N 1    # on one node 
#SBATCH -t 100:00:00   # Running time of 2 hours 
#SBATCH --mem 18000  # Memory request of 4 GB 
#SBATCH -o raxml_%A_%a.out # Standard output 
#SBATCH -e raxml_%A_%a.err # Standard error 
module load raxml 

    for FILES in /home/aligned_fasta/.phy; do 
    echo ${FILES} 
    done; 

    # grab out filename from the array exported from our 'parent' shell 
    FILENAME=${FILES[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]} 

    # make & move into new directory, and run! 
mkdir ${FILENAME}_out 
cd ${FILENAME}_out 
raxmlHPC -f a -x 100 -m PROTGAMMAAUTO -p 100 -s $FILENAME -N 100 -n $FILENAME.tree 

#Now, we grab all the appropriate files and submit them en-batch with an array: 
# grab the files, and export it so the 'child' sbatch jobs can access it 

輸出FILES =（$（lsの-1 .phy））

# get size of array 
NUMPHY=${#FILES[@]} 
# now subtract 1 as we have to use zero-based indexing (first cell is 0) 
ZBNUMPHY=$(($NUMPHY - 1)) 

# now submit to SLURM 
if [ $ZBNUMPHY -ge 0 ]; then 
sbatch --array=0-$ZBNUMPHY raxml.sbatch 
fi 

私はsbatch --array = 0を使用して送信-10 raxml.shでも動作しませんでした。

Answer 1

何かを分かりました。基本的に、私はファイルが連続しているようにファイルの名前を変更し、slurmを使うことができます。

#!/bin/bash -l 
# SBATCH -J tree 

###### Standard out and Standard Error output files with the job number in the name. 
#SBATCH -o tre_%A.%a.out 
#SBATCH -e tre_%A.%a.err 

###### number of nodes 
###SBATCH --nodes=6 
###SBATCH --nodes=6 

###### number of processors 
#SBATCH -n 16 
###SBATCH --cpus-per-task=4 

###### Spread the tasks evenly among the nodes 
####BATCH --ntasks-per-node=8 

###### coupled with array 
####SBATCH --ntasks=1-179 

#SBATCH --time=300:00:00 

#SBATCH -p high 

#SBATCH --mem 24000 

###### Want the node exclusively 
### SBATCH --exclusive 

#SBATCH --array=1-3 

module load raxml 

for i in $SLURM_ARRAY_TASK_ID.phy 
do 
echo $i 
done 

### tree 
raxmlHPC-PTHREADS -f a -x 100 -m PROTGAMMAAUTO -p 100 -T 16 -s $i -N 100 -n $i.tree 

これはあなたがコンセンサスツリーを構築するために使用できる別の木を与える：

ls *.phy | cat -n | while read num file; do mv $file ${file/./.$num.}; done 

だから、ファイルが次に、あなたはそれを次のように

Ortho1.1.phy Ortho6.2.Phy Ortho6.3.Phy 

行うことができます。