系統樹に外部データを注釈しますか？

Question

私はBioconductorのggtreeパッケージを使用して2つの系統樹をプロットしています。基本的にはggplot2のように機能し、外部のCSVファイルで設定されたクラスに合わせてtipラベルの美しさを変更したいと考えています。

私は、同じ50遺伝子の2つの異なるクラスタリングを含むmultiPhyloオブジェクトを持っています（この例では6つのふりをします）。私がmultitree[[1]]$tip.labelとmultitree[[2]]$tip.labelを評価するとき、彼らは私に同じ順序で同じリストを与えるので、プロットが異なって表示されている間に、遺伝子は同じ順序で保存されます。

library(ggtree) 
library(ape) 

mat <- as.dist(matrix(data = rexp(200, rate = 10), nrow = 6, ncol = 6)) 
nj.tree <- nj(mat) ### Package ape 
hclust.tree <- as.phylo(hclust(mat)) 
multitree <- c(nj.tree, hclust.tree) 

Iは、これらのツリーをプロットした後、それらは既存の文献に記載されている5つのクラス（A、B、C、D、及びE）のどちらに基づいて外部データとそれらを注釈します。

write.csv(multitree[[1]]$tip.label, "Genes.csv") 

このコマンドを使用して、各遺伝子の正しい順番でCSVファイルを作成しました（該当するかどうかはわかりません）。私は手動で各遺伝子に隣接する列に対応するクラスレターを手動で入力しました。これは次のようになります。

Gene Class 
1  A 
2  A 
3  D 
4  C 
5  B 
6  E 

などです。

外部CSVテーブルで定義されている色に対応するように、ツリー上のチップラベルの色に注釈を付ける必要があります。私はそれがgeom_tiplab(aes(color=something something something))のように見えるだろうと知っていますが、それは私のCSV内のデータを読み取るようにする方法を知らないで、multitreeのデータではありません。私のggtreeコマンドの外観は次のとおりです

myTree <- ggtree(multitree[[i]], aes(x, y)) + 
    ggtitle(names(multitree)[i]) + 
    geom_tiplab() + ### What I want to annotate with color 
    theme_tree2() + 
    coord_fixed(ratio = 0.5) 
print(myTree)   ###Occurs within a for loop, forces ggplot output to display 

Answer 1

テーブルからクラス名のカラーベクトルを作成します。

g <- read.csv("Genes.csv") 
cols <- rainbow(nlevels(g$Class)) 

# Function to identify class color for a certain gene 
findCol <- function(x){ 
    col <- switch(as.character(x), A=cols[1], B=cols[2], C=cols[3], D=cols[4], E=cols[5]) 
    return(col) 
} 
col.vect <- sapply(g$Class, findCol) 

geom_tiplab()機能でこのベクターを使用してください。