BioPythonにおける系統樹のサブツリー

Question

私はnewick形式の系統樹を持っています。私は末端ノードのラベルに基づいてサブツリーを取り出す（種のリストに基づいて）。私が使用していますツリーのコピーはここで見つけることができます：http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/dm6/multiz27way/dm6.27way.nh

現在、私はそうのようなBioPythonを使用してツリーに読みました：

from Bio import Phylo 
#read in Phylogenetic Tree 
tree = Phylo.read('dm6.27way.nh', 'newick') 
#list of species of interest 
species_list = ['dm6', 'droSim1', 'droSec1', 'droYak3', 'droEre2', 'droBia2', 'droSuz1', 'droAna3', 'droBip2', 'droEug2', 'droEle2', 'droKik2', 'droTak2', 'droRho2', 'droFic2'] 

私はspecies_listで唯一の種のサブツリーを引き出すだろうか？

Answer 1

ええ、あなたの種リストにあるすべての種を持つ最小の樹木を望むなら、このツリーのルートノードは、リスト内のすべての種の最新の共通祖先（MRCA）すでにPhyloで実装：

from Bio import Phylo 

#read in Phylogenetic Tree 
tree = Phylo.read('dm6.27way.nh', 'newick') 
#list of species of interest 
species_list = ['dm6', 
       'droSim1', 
       'droSec1', 
       'droYak3', 
       'droEre2', 
       'droBia2', 
       'droSuz1', 
       'droAna3', 
       'droBip2', 
       'droEug2', 
       'droEle2', 
       'droKik2', 
       'droTak2', 
       'droRho2', 
       'droFic2'] 

common_ancestor = tree.common_ancestor(species_list) 
Phylo.draw_ascii(common_ancestor) 

は出力：

Clade 
              ___ dm6 
             ___| 
             | | , droSim1 
             | |_| 
          __________|  | droSec1 
          |   | 
          |   | _____ droYak3 
          ,|   |_| 
          ||   |____ droEre2 
          || 
          ||  _______ droBia2 
          ||_____| 
          |  |_____ droSuz1 
          | 
         __|         _______ droAna3 
         | |_________________________________| 
         | |         |________ droBip2 
         | | 
         | |___________________ droEug2 
         | 
         |_____________ droEle2 
         ,| 
         ||______________________________ droKik2 
        __|| 
        | ||______________ droTak2 
___________________| | 
        | |____________ droRho2 
        | 
        |_______________ droFic2 

Answer 2

代わりBioPython、使用ete3を使用します。ドキュメントから

from ete3 import Tree 
t = Tree('dm6.27way.nh') 
t.prune(species_list, preserve_branch_length=True) 
t.write() 

、

バージョン2.2から、この機能はまた、残りのノードのうち、元の距離を保ちながら、ツリーからノードを削除することを可能にするpreserve_branch_lengthフラグを含みます。