系統樹の位置を維持しながらチップラベルでクレードを縮める

Question

おそらくタイトルをより良く言えるかもしれませんが、私は系統樹（クレードに1人のメンバーがいても）のクレードを崩壊したいと思っています。 foo "を表示し、その特定のクレードからドロップされたヒントの数を数え、チップラベルが35個の枝を表示するブランチを作成します。

カウント部分は簡単です。しかし、私が使用するとき

drop.tip(rooted.tree,tip=which(rooted.tree$tip.label=='foo'),subtree=TRUE) 

ドロップされたヒントはツリー内でその位置を維持しません。むしろ、彼らはすべて最後にグループ化されています（しかし、適切に数えられます）。とにかくチップラベルでクレードを崩壊させ、木の上にその位置を維持することはありますか？

Answer 1

あなたが持っている個体数はどれくらいですか？この関数はトリックを行う必要があります。

collapse_identical_tips <- function(phy,tip_label){ 
    matching_tips <- which(phy$tip.label==tip_label) 
    nt <- length(phy$tip.label) # number of tips in tree 
    nm <- length(matching_tips) # Number of tips matching the label 
    keep <- numeric(nm) 

    cur_tip <- 1 
    while(cur_tip<=nm){ 
    if(cur_tip == nm){ 
     keep[cur_tip] <- 1 
     break 
    } 
    next_tip <- cur_tip + 1 
    mrca_ <- getMRCA(phy,c(matching_tips[cur_tip],matching_tips[next_tip])) 
    descendants <- getDescendants(phy, mrca_) 
    descendant_tips <- descendants[descendants<=nt] 
    if(all(descendant_tips %in% matching_tips)){ 
     keep[cur_tip] <- 1 
     cur_tip <- cur_tip + length(descendant_tips) 
    }else{ 
     keep[cur_tip] <- 1 
     cur_tip <- cur_tip + 1 
    } 
    } 
    to_drop <- matching_tips[!keep] 
    new_phy <- drop.tip(phy,to_drop) 
    return(new_phy) 
} 

テストそれを：

tc <- "(A:3.135206161,(B:2.757615245,(((C:0.5796267872,((foo:0.1917981792,(foo:0.08246947568,foo:0.08246947568):0.1093287035):0.2328473818,(D:0.3107268924,E:0.3107268924):0.1139186686):0.1549812262):0.3387382152,F:0.9183650024):1.172666972,(((G:0.02437174382,H:0.02437174382):0.4727952475,foo:0.4971669913):0.8701228492,(foo:1.124632261,(foo:0.6503599778,foo:0.6503599778):0.4742722831):0.2426575797):0.7237421344):0.6665832698):0.3775909166);" 
phy <- read.tree(textConnection(tc)) 

plot(phy) 

plot(collapse_identical_tips(phy,"foo"))