私は、phyloxml形式の系統樹を凝縮しようとしています(すべての葉に同じラベルが付いているクレードを簡素化しようとしています)。 NewickのUtilsのと呼ばれるプログラムは、このツリーを凝縮、Newickのフォーマットの木でこれを行うことは非常に便利です。phyloxml系統樹の縮合
この一つに:
私は最終的に私を分割しようとしていたよう遺伝子ツリーを各重複ノードのすべてのサブツリーに入れることは、情報を失うことなくサブツリーの数を減らすのに有効な方法です。
誰でもphyloxmlツリーでこれを行う方法を知っていますか? Newick UtilsはNewick形式しか受け付けないので、Biopythonを使ってphyloxml形式を解析する方法が必要です。ありがとう。
私はNewickに変換しようとしました(確かにbiopythonよりもarcheopteryxを使用していました)が、私はツリー構造を分割するために私のツリーが必要なphyloxmlに戻ったときに多くの情報を失いました。最も重要なのは、種別や重複が発生したかどうかを示す「イベント」タグを失ったことです。これが私のツリーをどのように分割しているかの根拠(clades.events.duplicationを使用して)を使用しているため、この例では理想的な解決策ではないでしょうか? – spiral01
@ spiral01、答えに追加してください。 – xbello