ape-phylo

0熱

1答えて

は私が〜200×200サイズの距離行列を持って、私のサイズは、プロットが表示されるように大きいR にAPEライブラリのBioNJオプションを使用して系統樹をプロットすることができませんでし私は、視認性を向上させることができますどのような方法

0熱

2答えて

遅いタスクをループ内でスキップするR

Rでシミュレーションを実行しようとしていますが、ここでは系統樹をたくさん作っています。ツリーシミュレーションは、実行時間が非常に変動し、時には0.005秒、場合によっては数分であるため、少し問題になります。遅いツリーを避けたいので、evalWithTimeoutを使用してスキップします。これまでのところ、私は問題を抱えています。なぜなら、ループを強制終了することなく、遅いタスクを殺すことができない

0熱

2答えて

Mac OSXでRの生の形態データからNewickツリーフォーマットを作成する方法

Rの歴史言語学のための系統学を行う方法を自分自身で教えようとしています。公開データセット（https://www.cs.rice.edu/~nakhleh/CPHL/IEDATA_112603）が見つかりました。そこからNewickフォーマットのツリーを取得して、次の指示に従って視覚化することができます：https://www.r-phylo.org/wiki/HowTo/InputtingTre

2熱

1答えて

devSVGに保存する際、Rapeパッケージの系統樹のチップラベルのフォントファミリを変更するにはどうしたらいいですか？

私はNewick形式からRにインポートされたいくつかの系統樹を持っています。私はplot.phyloコマンドで木をプロットするためにapeパッケージを使用しています。私はcexでできるフォントファミリを変更するか、colで色付けするだけでなく、モノスペースにチップラベルを変更したいと考えています。 plotコマンドの引数はfamilyですが、family="mono"を渡すと何も起こりません。私も

1熱

1答えて

系統樹の位置を維持しながらチップラベルでクレードを縮める

おそらくタイトルをより良く言えるかもしれませんが、私は系統樹（クレードに1人のメンバーがいても）のクレードを崩壊したいと思っています。 foo "を表示し、その特定のクレードからドロップされたヒントの数を数え、チップラベルが35個の枝を表示するブランチを作成します。カウント部分は簡単です。しかし、私が使用するとき drop.tip(rooted.tree,tip=which(rooted.tre

0熱

1答えて

系統発生の祖先状態の再構成における色の指定

私は祖先状態の再構成解析に使われる色を指定しようとしているので、他のグラフで同じ色を同じデータに使うことができます。しかし、私がnodelabelsを原型から使用した場合、私が指定した色は表示されているものと一直線に並ばない。誰がなぜこれが分かっていますか？それを回避する方法は？色のほとんどはOK並ぶが、Eがどの（紫として表示されますが、コード番号のFF7F00を持っている：イメージを与える r