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MPIを使用してHPCクラスタでRを並列実行したいとします。私はパッケージスノウからのmakeCluster関数がノードの数を指定するために使用できることを理解しています。たとえば、makeCluster(2,type="MPI")は2ノードを意味します。タイプを「MPI」に指定しないと、makeCluster(2)は1つのノード上に2つのコアを意味します。ノードとコアの数を指定する方法はありま

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Rループを回避し、雪と並列化してください

私は時間がかかりすぎる（〜100日）大きなループを持っています。私は雪の図書館でそれをスピードアップしたいと思っていますが、私はapplyステートメントでは大したことではありません。これはループの一部に過ぎませんが、もしこの部分を理解することができれば、残りの部分は直感的です。私は文やループを適用して大丈夫ですが、オブジェクト 'p'を得るための関数を使うステートメントは理想的です。オリジナルデ

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Windowsクラスタ上の並列R

私はバックエンドにいくつかのノードで動作するWindows HPCサーバーを持っています。私はバックエンドから複数のノードを使ってParallel Rを実行したいと思います。 Parallel RはWindows上でSNOWを使用している可能性がありますが、それについてはあまり確かではないと思います。私の質問は、私はバックエンドノードにもRをインストールする必要がありますか？今 cl <- mak

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foreachパッケージのスコープR as.formula、SE dplyr、およびlapplyを使用する場合の環境

私は動的に複数の数式を文字列として構築し、as.formulaの数式にキャストする関数を持っています。私はその後、doSNOWとforeachを使ってその関数を並列プロセスで呼び出し、これらの式をdplyr::mutate_まで使っています。 lapply(formula_list, as.formula)を使用すると、並列実行時にエラーcould not find function *custo

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`R snow 'フリーズの` stopCluster`

私はsnowとRというクラスタコンピュータでモンテカルロシミュレーションを実行していました。すべてRがの凍結し、最終的に壁の時間を超えたstopClusterのラインを打つまでうまくいった。私はstopClusterの問題は表示されません。以下は、私のRスクリプトの簡略化されたバージョンです。 simu <- function(rep_worker, n_used) { theta_s

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リモートエラー（val）のチェックでエラーが発生しました：5ノードがエラーを生成しました：オブジェクトが見つかりません

10倍交差検証を行い、並列処理（parLapply）を使用してジョイントモデルのモデル性能を評価しようとしています。イムは、私はエラーメッセージが表示される理由を見つけるしようとしている：は次のようにコードが見えます「checkForRemoteErrorsでエラーが発生しました（valは）：オブジェクトが見つからないウィーク '：5つのノードがエラーを生成」： # Validation us

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R snow clusterリソースコードファイルへのコール

一部の機能を再評価するには、snowクラスタでsourceを呼び出す必要があります。私が使用しているclusterCall()への呼び出しは動作しません：私は問題を発見した cl = makeSOCKcluster(rep("localhost", 5)) > clusterCall(cl, getwd) [[1]] [1] "/home/user" [[2]] [1] "/home/

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R snow rlecuyer：テンポラリーシード付き関数を適用する

snow::clusterApplyを使用して並列に関数を適用したい。私の関数は、関数の一部で一時的な（事前定義された）シードを使用しますが、一般的に独立した乱数を保持する必要があります。一時的な種は、それぞれの「仕事」ごとに異なります。私は、次の操作を行うことができます # setting up cluster of type="SOCK" library(snow) cl <- make

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foreach/SNOW/doSNOW詳細出力はRTermで、RGuiでは表示されません。

何か魔法が発生しました。 foreach/snow/doSnowを使用して並列タスクを実行するためにRGuiまたはRStudioの代わりにRterm（R.exeで起動）を使用しました。コマンドウィンドウでは、子タスクの出力を見ることができます。これは、RGuiやRStudio（これはデバッグに苦労しました）ではうまく機能しませんでした。私はちょうど興味があります - なぜですか？文字通り、初めてR

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R（ウィンドウ）の大きなラスタの並列処理

私はdoSNOWパッケージ、より具体的にはparLapply関数を使用して大きなラスタデータセット（OS：Windows x64）のリストを再分類します。コードは少しこの最小限の例のようになります。 library(raster) library(doSNOW) #create list containing test rasters x <- raster(ncol=10980,nr