pdbファイルの辞書のキー

Question

私は.pdbファイルを見て、タンパク質複合体の鎖AとBの異なる残基からのアルファ炭素原子の間の距離を計算し、次に距離を辞書に保存しますチェーン識別子および残基番号。

たとえば、最初のアルファ炭素（「CA」）が鎖Aの残基100にあり、それが結合するものが鎖BIの残基123にある場合、辞書はd = {（ 、100）：[B、123、distance_between_atoms]}

from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser 
parser=PDBParser() 
struct = parser.get_structure("1trk", "1trk.pdb") 

def getAlphaCarbons(chain): 
    vec = [] 
    for residue in chain: 
     for atom in residue: 
      if atom.get_name() == "CA": 
       vec = vec + [atom.get_vector()] 
    return vec 

def dist(a,b): 
    return (a-b).norm() 


chainA = struct[0]['A'] 
chainB = struct[0]['B'] 

vecA = getAlphaCarbons(chainA) 
vecB = getAlphaCarbons(chainB) 

t={} 
model=struct[0] 

for model in struct: 
    for chain in model: 
     for residue in chain: 
      for a in vecA: 
       for b in vecB: 
       if dist(a,b)<=8: 
        t={(chain,residue):[(a, b, dist(a, b))]} 

    break 
print t 

それは年齢のためのプログラムを実行されていますし、私は実行を中止しなければならなかった（私は??どこかで無限ループを行っている）

Iこれをやろうとしていた：

t = {i:[((a, b, dist(a,b)) for a in vecA) for b in vecB if dist(a, b) <= 8] for i in chainA} 
print t 

しかし、それは次の形式の残基に関する情報を印刷しています：

<Residue PHE het= resseq=591 icode= >: []  

それは距離に関係する何かを印刷していません。

ありがとう、私はすべてが明確であることを願っています。

Answer 1

距離の計算中にCライブラリを使用することを強く推奨します。私はmdtrajをこの種のものに使用し、BioPythonのすべてのforループよりもはるかに速く動作します。

は、α-炭素のすべてのペアを取得するには：

import mdtraj as md 
def get_CA_pairs(self,pdbfile): 
    traj = md.load_pdb(pdbfile) 
    topology = traj.topology 
    CA_index = ([atom.index for atom in topology.atoms if (atom.name == 'CA')]) 
    pairs=list(itertools.combinations(CA_index,2)) 
return pairs 

その後、距離の迅速な計算のために：

def get_distances(self,pdbfile,pairs): 
    #returns list of resid1, resid2,distances between CA-CA 
    traj = md.load_pdb(pdbfile) 
    pairs=self.get_CA_pairs(pdbfile) 
    dist=md.compute_distances(traj,pairs) 
#make dictionary you desire. 
    dict=dict(zip(CA, pairs)) 
    return dict 

これは、すべてのアルファ炭素を含んでいます。各チェーンからCAを選択するには、チェーン識別子もmdtrajになければなりません。