nifti

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私はNiBabelで新しいです。このライブラリを使ってNifti画像から強度行列を取得する方法を知りたい。私はボクセルを取得するには、次のスクリプトを使用します。 import nibabel as ni example_img = ni.load('myImage.nii') data = example_img.get_data() 私は、データがボクセル強度が含まれている最初に思っ

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NrrdからNiftiへのファイル変換

〜1000 .nrrdのファイルをNifit（.nii.gz）形式に変換しようとしています。私は3DSlicerのResampleScalarVectorDWIVolumeコマンドラインモジュールを使ってこの作業を行っています。しかし、このプロセスは本当に遅いです。私のシステム上の各ファイルを変換するのに約4分かかります。私はこのようなコンバージョンにどのようなツールを使用しているのでしょうか？

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NiBabelで3D NIfTIを作成するには？

3Dグレイスケールの.niiファイルをnibabelで書き出し、NIfTIビューア（Mango、MCIcron）で開くのに問題はありませんでした。しかし、私は各RGBプレーンが異なるボリュームとして解釈されているので、3Dカラーを書き出すことはできませんでした。例えば。これからの出力： import nibabel as nib import numpy as np nifti_path =

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SPMの画像に任意の変換行列を適用できますか？

私はSPMでやりたいと思っています。基本的に入力NIIファイルscan.niiがあります。x y z p r ywで定義されている任意のアフィン変換を適用したいと思います。 x,y,z,p,r,ywは、それぞれの自由度での翻訳と回転を表します（つまり、x=2mm、p=0.7degなど）。私はM=spm_matrix([x y z p r yw])で適切な行列を得ることができますが、実際にこの行列

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NiftiファイルをNumpy配列に変換するには？

Niftiファイル（.ii.gz）に3D配列があり、3D numpy配列として保存したいと思います。私はNumpyをNiftiに変換するためにNibabelを使いました。反対にすることはできますか？

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Niftiファイルのメタデータからのスケール変更と勾配

dicomファイル（source）の場合と同様に、ITK/SimpleITKはNiftiファイルのメタデータからのスケール変更インターセプトとスロープを使用して自動的にHUを調整しますか？どうすればPython 3.4でメタデータを読むことができますか？私はthisクラスを通過しましたが、私はReadImageInformation（）関数にアクセスできないようです。

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writeNIfTIエラー - if（！all（オブジェクト@ dim_ [インデックス]> 0＆pixdim（オブジェクト）[インデックス]>：TRUE/FALSEが必要な場合にエラーが発生する

私が作成したNIfTIファイルを書き出しようとしています。。。DICOM画像は、この例では、私はあなたがサンプルファイルをダウンロードする条項に同意する必要が KaggleのデータサイエンスボウルからDICOM画像を使用していますが、それは「ステージ1」フォルダにここで見つけることができます： https://www.kaggle.com/c/second-annual-data-science

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MATLABを使用してniiファイルを1つのniiファイルに保存するには

360の3D-Niftiファイルがあります。これらのファイルをすべて読み込み、大きいサイズの4Dファイルを生成するNifti Analyze toolを使用してniftiファイルに保存します。今まで私は以下の行を書いています clear all; clc; fileFolder=fullfile(pwd, '\functional'); files=dir(fullfile(fileFol

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Amazon Webサービス：非csvデータを使用して訓練されたモデルを取得

ハードウェアのセットアップに時間がかかる深刻なネットワークをトレーニングするために、AMIを学習するマシンでAWSを使用することを検討しています。しかし、現時点では、このオプションをあまり面白くないか不可能にする可能性がある2つの重大な問題があります。トレーニングデータはcsv形式ではなく、nifti形式の画像です。 AWSの記述では、データは.csvでなければならないと述べられています。ま

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`--no-undefined`スイッチをサポートする` gcc`のバージョンは？

pyniftiパッケージをソース（Anaconda Pythonディストリビューションに関する長い話題）からコンパイルしようとしています。実際 gcc: error: unrecognized command line option ‘--Wl,--no-undefined’ 、マニュアル（man gcc）は何の情報について--no-undefinedスイッチが含まれていません： makeを実